HiSeeker：基于成对SNP组合检测高阶SNP相互作用

HiSeeker：基于成对SNP组合检测高阶SNP相互作用 HiSeeker 是一种检测高阶 SNP 相互作用的方法，旨在解决基因组-wide association studies 中的遗传遗传性问题。该方法基于成对 SNP 组合检测高阶 SNP 相互作用，旨在检测高阶 SNP 相互作用对复杂疾病的贡献。 知识点1：SNP 相互作用检测 SNP 相互作用检测是基因组-wide association studies 中的一个重要步骤，旨在检测 SNP 之间的相互作用对复杂疾病的贡献。现有的方法主要集中在检测 pairwise interactions，而忽视了高阶 SNP 相互作用的检测。 知识点2：高阶 SNP 相互作用检测 高阶 SNP 相互作用检测是指检测三个或三个以上的 SNP 之间的相互作用对复杂疾病的贡献。现有的方法对高阶 SNP 相互作用检测的能力有限，无法处理 genome-wide 数据，且检测能力较低。 知识点3：HiSeeker 方法 HiSeeker 是一种两阶段的方法，旨在检测高阶 SNP 相互作用。第一阶段，HiSeeker 使用 chi-squared test 和 logistic regression 模型来筛选出候选的 pairwise combinations，这些候选 combinations 具有中等或显著的关联性与表型。第二阶段，HiSeeker 使用 exhaustive search 和 ant colony optimization-based search 两个策略来检测高阶 SNP 相互作用。 知识点4： HiSeeker 的优点 HiSeeker 方法具有以下几个优点：可以efficiently 检测高阶 SNP 相互作用，能够处理 genome-wide 数据，检测能力高于其他相关算法。 知识点5：实验结果 实验结果表明，HiSeeker 方法可以efficiently 检测高阶 SNP 相互作用，并在两个实际 case-control 数据集上检测到了几个显著的高阶 SNP 相互作用。 知识点6： SNP 组合检测 SNP 组合检测是指检测多个 SNP 之间的组合关联性对复杂疾病的贡献。HiSeeker 方法可以检测高阶 SNP 相互作用的组合关联性，对复杂疾病的研究具有重要意义。 知识点7：高阶 SNP 相互作用对复杂疾病的贡献 高阶 SNP 相互作用可能对复杂疾病产生重要贡献，HiSeeker 方法可以检测这些贡献，从而深入理解复杂疾病的遗传机理。 知识点8：基因组-wide association studies 基因组-wide association studies 是一种研究方法，旨在检测基因组-wide 范围内的 SNP 对复杂疾病的贡献。HiSeeker 方法可以应用于基因组-wide association studies 中，检测高阶 SNP 相互作用对复杂疾病的贡献。