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matlab灰度阈值分割代码-telo-FISH_image_analysis:尝试用开源自动化解决方案取代MetaMorph显...
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2021-06-08
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matlab 阈值分割代码 作者:Angelo Pelonero | 电子邮件: 自动 Telo-FISH 核分割和分析 最后 - 一种将您曾经在 MetaMorph 中花费的时间用于为您的 PI 做其他事情的方式。 介绍 该软件用于在 telo-FISH 荧光显微镜图像中分割感兴趣的细胞核。 一般规则系统如下,每个图像: 打开收集的显微镜图像的合并(颜色,全通道).jpg 将通道拆分为单独的单色版本 在 DAPI(蓝色)通道中选择潜在的核 ROI 确定 GFP(绿色)通道中的“真实”投资回报率 测量 RFP(红色)通道中的端粒染色强度 输出 .csv 平均灰度值端粒测量值和 .png 原始图像 + 最终核选择 如何使用 要求: 斐济或 ImageJ 将 .TIF 预处理为 .jpg 图像(使用捆绑的 .py 脚本),加载到单个目录中 预处理Python3脚本的使用: 打开终端 cd 到包含彩色 .TIF 显微图像的目录 运行“python tif2jpg.py” ImageJ 脚本的使用: 在 ImageJ/Fiji 中打开宏 单击“运行” 2a。 选择输入目录(包含颜色 .jps)
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telo-FISH_image_analysis-master.zip (49个子文件)
telo-FISH_image_analysis-master
.DS_Store 6KB
results
.DS_Store 6KB
sample_out
33484fcab46f5d1f4a227587a8129429_log.csv 574B
33484fcab46f5d1f4a227587a8129429_PROCESSED.png 128KB
src
.DS_Store 6KB
imagej
.DS_Store 6KB
batch
.DS_Store 6KB
batch_segmenter.ijm 2KB
c++
mfd.0.6.tar 11.89MB
.DS_Store 6KB
mfd
cxts001.dll 116KB
Microsoft.VC80.CRT.manifest 2KB
cvaux110.dll 460KB
highgui110.dll 616KB
mfd 1.72MB
Microsoft.VC80.OpenMP.manifest 993B
ml110.dll 236KB
img
b_frag.png 8KB
graf1.png 443KB
b_graf1.png 22KB
alumgrns.png 52KB
b_graf2.png 25KB
graf2.png 443KB
mfd.exe 380KB
cv110.dll 856KB
cxcore110.dll 936KB
msvcp80.dll 536KB
vcomp.dll 64KB
mfd.pdf 4.48MB
msvcr80.dll 612KB
python
.DS_Store 6KB
py_run
annotations3.csv 8KB
annotations_parsed4.csv 23KB
annotation_ang.py 1KB
pred_vs_data.csv 49KB
.DS_Store 6KB
telo_cnn_ang.py 9KB
annotation.py 1KB
keras_qc_plotter.R 719B
telo_cnn5.py 9KB
keras_model_analytics.py 2KB
tifftojpeg-master
tif2jpg.py 332B
main.py 362B
README.md 191B
README.md 3KB
data
.DS_Store 10KB
sample
.DS_Store 6KB
sample.jpg 118KB
.gitignore 137B
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