分子动力学模拟研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白与配体作用的影响 (2014年)

为了研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白(ABP)与配体结合能力的影响, 对ABP、 ABP结合树胶醛糖复合物及ABP结合半乳糖复合物以及它们各自的突变体分别进行60 ns的分子动力学模拟. 模拟结果表明, 108号残基突变前后, 电子等排体的两个氨基酸残基, 使蛋白与配体间的范德华相互作用发生明显变化, 同时导致蛋白的内部运动也发生变化, 进而影响蛋白与配体的相互作用. 进一步分析表明, 突变前后的蛋白构象变化都趋向于两个结构域张开, 而与配体的结合可减缓张开程度.