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层次分析matlab代码-SDCM:通过相关最大化进行信号解剖(SDCM)是克服PCA局限性的第一原理方法。它最大程度地提高了数...
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层次分析matlab代码通过相关最大化进行信号解剖(SDCM) M.Grau,G.Lenz和P.Lenz,``通过高维相关最大化将基因表达数据集分解为临床相关的相互作用特征'',《自然通讯》,10,5417(2019)doi:10.1038 / s41467-019-12713- 5 文献资料 tl; dr下载并解压缩发行版ZIP或克隆此存储库。 在您的Matlab编辑器中打开selfTest_lowDim.m或selfTest_highDim.m 。 按F5键运行。 然后阅读代码中的docu / comments / config解释。 关于方法 SDCM是一种新颖的第一原理方法,它克服了主成分分析(PCA)的局限性,即线性和正交性。 通过其签名功能,它可以搜索并最大化数据的相关性和一致性。 它通过基于双单调函数的非线性信号模型对真实交互中的重叠签名进行建模,发现和剖析。 为了进行数据聚焦,它利用了重量超锥。 SDCM已经发现了新的基因表达特征,这些特征对患者的存活有很大影响。 像PCA一样,它在数学上是通用的,可以用于新的数据集。 研究文章 抽象的 基因表达受到许多同时发生的相互作
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SDCM-master.zip (57个子文件)
SDCM-master
SDCM.m 201KB
selfTest_highDim.m 50KB
SDCM_Library
getSignatureAxesAndScores.m 8KB
dataNormalization
std2D.m 3KB
imputeNaNsViaNearest2DNeighbours.m 2KB
dampenOutliers.m 4KB
removeOffsets2D.m 1KB
basicMath
getBasicMathFunctions.m 930B
signedPower.m 220B
weightedMean_supportsNaNs.m 2KB
relScaleWithThreshold.m 652B
projectW.m 1KB
exactUpperChi2CDF.m 1KB
weightedMean_fastNoNans.m 2KB
ecdfW.m 709B
tools
cellstring2separatedList.m 2KB
mergeStructs.m 8KB
clearInjectedBreakPoints.m 383B
interactiveCheckPoint.m 3KB
string2fieldname.m 3KB
ilC2A.m 1KB
joinAndFill.m 15KB
ilv.m 8KB
IFromTo.m 40KB
iif.m 6KB
ilnth.m 2KB
ilsub.m 13KB
ils.m 9KB
SDCM_printStatus.m 3KB
isWorker.m 192B
saveFig.m 31KB
illa.m 2KB
bimonotonicRegression.m 46KB
measures
signatureFunctional.m 1KB
selectDimensionsInPerformanceSubspace.m 2KB
addFlatWeights.m 5KB
uncenteredWeightedCorrelation.m 26KB
calcSignatureFocus.m 5KB
statistics
pValue4SignalStrength.m 2KB
ksTestW.m 5KB
pValues4Correlations.m 5KB
computeSignatureStatistics.m 4KB
SDCM_step1_searchStrategy.m 70KB
smoothenInSignatureStrengthsSpace.m 20KB
precomputeCandidatesInParallel.m 59KB
plotDetectedSignature.m 125KB
SDCM_step2_maximizeCorrelation.m 89KB
GPAV.m 8KB
SDCM_step3_regression.m 49KB
.gitignore 7B
README.md 8KB
selfTest_lowDim.m 18KB
SDCM_selfTest_expectedResults
selfTest_lowDim_expectedResult.png 62KB
selfTest_highDim_exemplaryResults_superpos7.png 49KB
selfTest_highDim_exemplaryResults_versa19.png 73KB
selfTest_highDim_exemplaryResults_versa13.png 64KB
SDCM_defaultConfig.m 69KB
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