完整而准确的从头算重复查找算法

已经清楚的是，重复序列在真核基因组进化中发挥了多种作用，包括通过突变增加基因多样性，改变基因表达并促进新基因的产生。但是，重复元素的识别可能是从头开始的。目前，已经出现并比较了一些经典的从头开始发现重复的工具。检测它们的重复序列的完整性和准确性很小。为此，我们提出了一种新的从头开始重复查找工具，名为HashRepeatFinder，它基于哈希索引和字数统计。此外，我们在人类基因组数据hg19中使用其他两个著名的工具（如RepeatScout和Repeatfinder）评估了HashRepeatFinder的性能。结果表明以下三个结论：（1）在三个比较的工具中，HashRepeatFinder的完整性是几乎所有染色体中最好的一种，特别是在chr9中（RepeatScout的8倍，RepeatFinder的10倍）； （2）在检测大的重复序列方面，HashRepeatFinder在所有染色体上也表现最佳，尤其是在chr3（RepeatScout的24倍和Repeatfinder的250倍）和chr19（RepeatScout的12倍和Repeatfinder的60倍）方面； （3）在准确性