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Subcellular_workflow_matlab_code:开发了一个工作流程来应对构建和分析生化途径模型的挑战。-ma...
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2021-05-28
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开发此工作流程是为了解决构建和分析生化途径模型的挑战,并结合现有工具和定制软件。 我们实施的基础是SBtab格式,该文件格式可以以易于阅读和扩展的方式存储生化模型和相关数据。 我们还开发了将SBtab格式转换为可以在MATLAB:registered:,NEURON,STEPS和Copasi中使用的几种格式的工具。 使用MATLAB:registered:,我们开发了用于参数估计,全局灵敏度分析和诊断工具的自定义脚本,可用于模型开发。 我们使用示例模型(来自Nair等人20161的D1 MSN亚细胞级联模型的修改版)来演示所有这些功能。可以在“ MATLAB”上找到在MATLAB:registered:,NEURON和亚细胞增殖(STEPS)中运行该模型的代码:registered:”,“ NEURON”和“ BioNetGen和Steps文件夹”。 特征: 使用MATLAB:registered:,亚细胞增殖(STEPS)或NEURON进行模型仿真 使用MATLAB:registered:分析选定的参数
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89293-subcellular_workflow_matlab_code.zip (1个子文件)
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