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matlab提取文件要素代码-synaptome:突触组可视化工具包,Smith实验室秋季轮换
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2021-05-21
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matlab提取文件要素代码突触组可视化工具包 史密斯实验室@斯坦福大学 最初的作者:Dan O'Shea [dan {at} djoshea.com] 来源网址: 概述 此代码是一组相关实用程序,用于对突触图格式的突触蛋白表达的阵列层析图像进行操作。 突触图是具有多个命名的免疫组织化学荧光通道的3d图像堆栈。 通常,这些图像以网格显示,其中每个通道为一行,每列代表一个连续部分,即一个与z方向正交的平面。 该代码提供了以下手段: 加载提取的突触图数据多维数据集 过滤并对此数据执行形态计算 计算特征并利用机器学习对突触进行分类 在交互式散点图中可视化不同类别之间的特征向量 以突触图格式显示成像通道以及经过滤波,转换,转置或注释的通道 该软件的一般目的是简化使用突触图格式的数据的过程。 它有助于过滤或处理此数据,以消除噪声并定位或量化形态结构,并使用此过滤和形态图像处理的结果来计算有用的特征。 这些特征很容易插入到有监督的学习算法中,该算法根据其特征预测突触的“类别”或“类型”,这些特征最终源自其蛋白质表达特征。 然后可以根据2个特征尺寸将这些突触绘制在散点图上(尽管将其扩展到3个应该是微
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synaptome-master.zip (48个子文件)
synaptome-master
addvisrow.m 735B
viewsg.m 3KB
filtdat.m 3KB
addfeature.m 101B
synplot.m 4KB
kdm200
demo_punctacolors.m 3KB
features_kdm200watershed.m 11KB
loadds.m 3KB
watershed_vis.m 378B
humanlabels.mat 293B
trainds.mat 1.93MB
features_kdm200.m 7KB
README.md 18KB
gordon300
features_gw200.m 6KB
loadds.m 2KB
loadsg.m 872B
loadsvmdata.m 3KB
trainds.mat 15.07MB
classify
ldacigar.m 1KB
ldaproj.m 528B
ldaexample.m 726B
testft.m 2KB
ldaproj2.m 535B
pcatest.m 173B
getfeature.m 399B
syntable.m 901B
addchannel.m 412B
depth
depthplot.m 6KB
loadpivotlist.m 356B
dsvis.m 5KB
getchannel.m 1KB
filters
labeloverlay_filt.m 2KB
watershedlabel_filt.m 3KB
mask_filt.m 544B
maxseed_filt.m 1KB
watershedmask_filt.m 2KB
maskball_filt.m 1KB
hmax_filt.m 563B
maxwind3_filt.m 586B
maxnhood_filt.m 726B
ordfilt3.m 7KB
vormask_filt.m 1KB
assign_filt.m 1KB
globalmax_filt.m 568B
tophat_filt.m 791B
viewsgrow.m 2KB
addcolorchannel.m 333B
getimchannel.m 395B
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