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nmf的matlab代码-sigprofilerjulia:芥子
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2021-05-26
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nmf的matlab代码SigProfilerJulia SigProfilerJulia的目的是提取在肿瘤队列中活跃的突变过程。 在Julia中,这是用MATLAB编写的原始SigProfiler的快速实现。 此实现的原始动机是,我们没有MATLAB许可证来在本地集群中运行具有12个以上内核的SigProfiler。 该软件由Oriol Pich,FerranMuiños和Jordi Deu-Pons开发,并在中使用。 使用SigProfilerJulia SigProfilerJulia的输入包含一个制表符分隔值(tsv)文件,其中包含每种突变类型或每种肿瘤样品的通道的计数。 通道的数量和类型取决于变体的性质(例如单核苷酸变体,双取代或短插入)。 单核苷酸变异体的提取通常依赖于96个通道(变异体的三核苷酸背景加上其他等位基因)。 目前,我们提供了一个脚本,可以轻松快速地创建96通道单核苷酸变异计数矩阵。 请参阅中的更多详细信息和一个示例。 此处尚未实现双替换或Indel通道创建,但是请参考在何处实现相应计数矩阵的汇编(以及如何对输出进行后处理)。 我们还提供了两个后处理脚本,这将帮
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nmf的matlab代码-sigprofilerjulia:芥子 (118个子文件)
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