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matlab中存档算法代码-bioinf_suffix_array:生物信息学项目资源库
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2021-05-23
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matlab中存档算法代码生物信息学项目,FER 2017。 这是课程的课程: 该存储库包含基于本文的SA-DS后缀数组构造算法的实现: 有5种算法实现: Java-伊万·帕维奇 C#-伊万·帕维奇(Ivan Pavic) C-锡拉·弗拉希奇(TinVlašić) Python-JasnaJanković Python(替代版本)-Bruno Rosan 该算法的测试在目录测试中。 测试是: test-1.txt-100 B test-2.txt-500 B test-3.txt-1 kB 测试4-txt-5 kB test-5.txt-10 kB test-6.txt-50 kB test-7.txt-100 kB test-8.txt-500 kB test-9.txt-1000 kB test-10.txt-5 MB test-11.txt-5.4 MB(fasta) 在每个实现中,输入都是文本文件,并且以'>'开头的行被转义。 每个目录都有其自己的Makefile和readme.txt,以提供有关运行的特定说明。 要测试所有实现,请运行脚本run_tests.sh 运行后,结果
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收起资源包目录
bioinf_suffix_array-master.zip (58个子文件)
bioinf_suffix_array-master
.gitignore 251B
vrijeme.pdf 4KB
LICENSE 1KB
plotter.m 1KB
java
SuffixArrayConstruction.class 6KB
Makefile 257B
SuffixArrayConstruction.java 7KB
README.md 1KB
python
Makefile 41B
sads.py 5KB
readme.txt 738B
tests
test-2.txt 501B
test-5.txt 10KB
test-6.txt 49KB
test-11.txt 5.12MB
test-4.txt 5KB
test-10.txt 4.77MB
test-1.txt 101B
test-7.txt 98KB
test-9.txt 977KB
test-8.txt 488KB
test-3.txt 1001B
clang
Makefile 154B
test.txt 37B
d_critical.h 456B
SA-DS.c 11KB
d_critical.c 3KB
readme.txt 14B
csharp-mono
Makefile 352B
SufixArrayBuilder.cs 8KB
readme.txt 126B
referent_model
is.cpp 3KB
Makefile 381B
is 23KB
core.cpp 8KB
memorija.pdf 4KB
csharp-net
Program.cs 8KB
Makefile 301B
obj
Debug
netcoreapp1.1
dotnet-compile-csc.rsp 9KB
dotnet-compile.assemblyinfo.cs 373B
.IncrementalCache 695B
.SDKVersion 101B
dotnet-compile.rsp 9KB
bin
Debug
netcoreapp1.1
csharp-net.pdb 4KB
csharp-net.runtimeconfig.dev.json 105B
csharp.runtimeconfig.dev.json 105B
csharp-net.runtimeconfig.json 118B
csharp.runtimeconfig.json 118B
csharp.deps.json 428B
csharp.pdb 4KB
csharp-net.deps.json 440B
project.lock.json 293KB
out.txt 294B
tmp
dotnet-compile-csc.rsp 117B
dotnet-compile.assemblyinfo.cs 74B
readme.txt 126B
project.json 348B
run_tests.sh 1KB
共 58 条
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