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matlab代码检查工具-neuropixel-utils:用于管理Neuropixel数据集和Kilosort结果的实用程序
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2021-05-20
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matlab代码检查工具Neuropixel-utils Neuropixel Utils是用Matlab编写的工具包,用于处理由(例如imec.ap.bin文件)收集的数据集和/产生的结果。 请注意,此功能中的某些功能与尼克·斯坦梅茨(Nick Steinmetz),穆什·奥昆(Mush Okun)等人撰写的Cortex实验室中的工具是多余的。 在这里,我们优先考虑一种有组织的,易于使用的,面向对象的方法来访问,操纵和可视化数据。 这减少了担心元数据的需要。 请参阅的完整文档。 Neuropixel Utils促进了以下数据处理步骤: 和来自Matlab中的imec.ap.bin和imec.lf.bin文件的原始神经像素数据 通过编写原始文件的副本或对其进行适当修改来应用到原始数据,可以选择删除文件中特定的有问题的时间窗口 一起匹配放大器增益 ,并在Phy中进行手动检查后返回Matlab 使用改编自 对于来自原始数据的每个群集,可以选择通过减去同一时间窗口内其他群集尖峰的模板来清除代码段 在太空中 在文件中,并有效 Neuropixel Utils由()撰写,目的是在运行Kiloso
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matlab代码检查工具-neuropixel-utils:用于管理Neuropixel数据集和Kilosort结果的实用程序 (104个子文件)
.gitignore 64B
main.html 26B
tutorial.ipynb 10KB
LICENSE 1KB
colorcet.m 553KB
cmocean.m 386KB
KilosortMetrics.m 127KB
ImecDataset.m 125KB
KilosortDataset.m 124KB
TensorUtils.m 93KB
SnippetSet.m 48KB
KilosortTrialSegmentedDataset.m 30KB
KilosortPartialResort.m 26KB
exportRezToPhy.m 16KB
ClusterRatingInfo.m 16KB
ConcatenationInfo.m 14KB
ChannelMap.m 13KB
TrialSegmentationInfo.m 13KB
TimeShiftSpec.m 10KB
plotStackedTraces.m 10KB
GetFullPath.m 10KB
ProgressBar.m 10KB
turbomap.m 7KB
runKilosort1.m 7KB
ClusterMergeInfo.m 6KB
linspecer.m 6KB
distinguishable_colors.m 6KB
ClusterStabilitySummary.m 5KB
runKilosort2_modified.m 4KB
runKilosort2.m 4KB
computeWaveformImageCentroid.m 4KB
fft_clean.m 3KB
writeNPY.m 3KB
readINI.m 3KB
rugplot.m 3KB
relativepath.m 3KB
readNPY.m 3KB
configureDataTipsFromUserData.m 2KB
makeSymLink.m 2KB
pmatbal.m 2KB
rgb2hsl.m 2KB
seaborn_color_palette.m 2KB
discretize_windows.m 2KB
hsl2rgb.m 2KB
updateChannelMapPhyWithSyncChannels.m 2KB
getMeWtW_nomex.m 1KB
showFirstInLegend.m 1KB
writeINI.m 1KB
commonAverageReferenceEachBank.m 1KB
exportRezToMat.m 1KB
pmat.m 1KB
simple_rangesearch.m 1KB
trialDataExample.m 1KB
xcorrAB.m 1KB
globals.m 1KB
emptyStructArray.m 904B
generateChannelProximityMatrix.m 672B
generatePath.m 624B
phy_cluster_colors.m 593B
computeTemplateSimilarity.m 578B
evalColorMapAt.m 487B
lookup_sampleIndexInConcatenatedFile.m 478B
mkdirRecursive.m 472B
getDefaultChannelMapFile.m 430B
hideInLegend.m 430B
discrete_histcounts.m 422B
commonAverageReference.m 407B
makerow.m 303B
makecol.m 288B
setLineOpacity.m 284B
demeanOverTime.m 238B
isstringlike.m 92B
neuropixPhase3B2_kilosortChanMap.mat 2KB
neuropixPhase3A_kilosortChanMap.mat 2KB
neuropixPhase3B1_kilosortChanMap.mat 2KB
neuropixPhase3A_option4_kilosortChanMap.mat 2KB
imec_dataset.md 20KB
kilosort.md 13KB
index.md 12KB
analysis.md 10KB
waveforms.md 4KB
README.md 4KB
acknowledgements.md 3KB
Release Checklist.md 751B
driftmap.png 15.38MB
driftmap_standard.png 5.1MB
driftmap_tsi.png 5MB
driftmap_tsi_excise.png 4.99MB
driftmap_sensitive.png 4.82MB
driftmap_tsi_mask.png 4.74MB
imec_inspect.png 3.77MB
clustermap_colorByAmp.png 2.61MB
clustermap.png 2.55MB
waveforms_on_probe.png 1.34MB
cluster_com.png 892KB
cluster_snippets.png 661KB
cluster_snippets_clean.png 609KB
clustermap_smooth.png 419KB
cluster_image.png 32KB
cluster_com_tooltip.png 22KB
共 104 条
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