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matlab有些代码不运行-pykilosort:WIP:Kilosort2的Python端口
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2021-05-23
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matlab有些代码不运行[WIP] KiloSort2的Python端口 这是Marius Pachitariu编写的原始MATLAB版本的Kilosort 2的正在进行中的文字Python端口。 该代码仍在调试中,尚无法使用。 安装 系统要求 该代码通过CUDA框架广泛使用了GPU。 需要具有至少8GB内存的高端NVIDIA GPU。 还需要一个良好的CPU和大量的RAM(至少32GB或64GB)。 请参阅以获取更多信息。 您还将需要在计算机上安装NVIDIA驱动程序和cuda-toolkit。 这可能是安装过程中最难的部分。 要测试您的计算机是否正常运行,您应该可以运行以下命令: nvidia-smi # Should show how much your GPU is being used right now nvcc # This is the CUDA compiler 进行安装 我们目前未在pypy或conda-forge上提供pykilosort的打包版本。 因此,您将需要先克隆回购git clone https://github.com/rossant/pykilos
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pykilosort-master.zip (71个子文件)
pykilosort-master
setup.py 2KB
.gitignore 1KB
Dockerfile 1KB
requirements.txt 92B
pyks2_test.yml 538B
pyks2.yml 669B
pykilosort
learn.py 47KB
__init__.py 2KB
cuda
mexDistances2.cu 2KB
mexSVDsmall2.cu 6KB
mexThSpkPC.cu 5KB
mexMPnu8.cu 27KB
mexClustering2.cu 8KB
mexWtW2.cu 1KB
mexGetSpikes2.cu 7KB
params.py 6KB
testing
mock_cupy.py 161B
mock_cupyx.py 202B
utils.py 17KB
gui
probes
Linear16x1_kilosortChanMap.prb 842B
__init__.py 0B
NeuropixelsPhase3A301_kilosortChanMap.prb 24KB
cortexlab-single-phase-3_chanMap.prb 30KB
neuropixPhase3B2_kilosortChanMap.prb 31KB
neuropixPhase3B1_kilosortChanMap_all.prb 31KB
neuropixPhase3B1_kilosortChanMap.prb 31KB
NP2_kilosortChanMap.prb 31KB
neuropixPhase3A_kilosortChanMap.prb 31KB
sanity_plots.py 7KB
palettes.py 18KB
message_log_box.py 2KB
__init__.py 608B
run_box.py 7KB
header_box.py 785B
launch.py 773B
sorter.py 5KB
data_view_box.py 34KB
minor_gui_elements.py 16KB
probe_view_box.py 6KB
settings_box.py 27KB
main.py 11KB
logger.py 1KB
event.py 4KB
cptools.py 12KB
postprocess.py 46KB
preprocess.py 15KB
cluster.py 22KB
main.py 14KB
CONTRIBUTING.md 1KB
LICENSE 18KB
setup.cfg 771B
examples
example_requirements.txt 58B
example_sort_emouse.py 2KB
__init__.py 0B
notebooks
matlab_python_comparison.py 6KB
matlab_python_comparison.ipynb 15KB
utils.py 815B
example_sort_local.py 1KB
README.md 334B
example_sort.py 1KB
README.md 5KB
tests
conftest.py 2KB
__init__.py 0B
test_preprocess.py 2KB
test_cptools.py 3KB
test_cluster.py 1007B
test_utils.py 3KB
test_event.py 2KB
test_example.py 139B
test_requirements.txt 65B
.circleci
config.yml 951B
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