该函数以多维 (3D) tiff 堆栈的形式读取 16 位图像。 该函数要求第三维是图像通道 (n=3) 并首先用核标记排序，表示您要量化第二个，最后一个包含病原体的通道。 x、y 维度是灵活的，并且该函数可以接受几乎任何大小的二维数组。 该函数将首先对多维tiff堆栈进行解交织，并分别处理每个通道。 然后，该函数将为所有三个通道定义阈值，对第一个和第三个通道进行分水岭分割，并量化整个图像中存在的细菌和细胞核的数量。 接下来，该功能将采用已识别的病原体，并以细菌作为ROI的质心来创建定义的目标区域（ROI）。 图像中的每个 ROI 都被标记并通过 regionprops 运行以获得所有 ROI 的边界框。 函数 imcrop 和每个 ROI 的边界框用于创建子图像的子图，显示 ROI、识别的细菌和相关的二进制掩码，用于提取病原体周围的细胞内信号。 子图将包含图像中标识的所有 ROI 的子
