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MetaboNetworks:交互式创建、定制和探索多系统代谢React网络的工具箱-matlab开发
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2021-06-01
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一种基于 Matlab 的工具,可使用京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 定义的主要底物-产品对创建自定义子网络。 它可用于探索跨基因组相互作用,例如哺乳动物和细菌的关联。 它计算一组代谢物(例如,来自代谢组学研究的生物标志物)之间的最短路径,并绘制代谢物之间的连通性,作为网络图中的链接。 可以交互式地更改和探索生成的图形。 此外,图中的节点链接到 KEGG 复合网页。 提供了超生物的多系统示例数据集,这包括可能发生在智人、厚壁菌和/或拟杆菌属物种的隔室中的React。 MetaboGetworks 函数可用于生成自定义多生物数据库以在 MetaboNetworks 函数中使用。 (请参阅自述文件)
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