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初级java笔试题-ecmtool:揭示生物体的代谢蓝图
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2021-06-03
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初级java笔试题ecmtool - 揭示生物体的代谢蓝图 使用此工具,您可以从代谢网络计算基本转换模式(ECM)。 ECM 的组合形成了生物体可以对其环境施加的所有代谢影响。 ecmtool 可以在两种不同的模式下使用:作为独立的命令行工具,或作为您自己的脚本的 Python 库。 我们将描述如何安装和使用这两种模式。 先决条件 下载并安装 Python。 Ecmtool 与 python 3.x 兼容。 确保将 python 及其包管理器pip添加到您的 PATH 环境变量中。 如果省略这最后一步,当您尝试运行 python 时将抛出类似以下的错误: 'python' is not recognized as an internal or external command [..] 。 下载并安装 Java。 确保您拥有 64 位版本; 您可以使用java -version进行检查。 否则,您可能会收到错误Invalid maximum heap size 。 方式一:独立命令行工具 在这种模式下,您可以像从命令行调用普通程序一样调用 ecmtool。 它以 SBML 格式读取代谢
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初级java笔试题-ecmtool:揭示生物体的代谢蓝图 (148个子文件)
run_docker_windows.bat 56B
_bglu_dense.c 1.24MB
iND750_indirect.csv 12.41MB
conversions_ecolicore.csv 390KB
ecms_bacteroid.csv 140KB
ecms_bacteroid_ext.csv 72KB
conversions_ecolicore_hideoutputs_tagPDH.csv 7KB
conversions_ecolicore_hideoutputs.csv 3KB
bacteroid_ECMinputAll.csv 2KB
bacteroid_ECMinputSmaller.csv 2KB
iJR_hideallexceptglco2biomass.csv 979B
cygwin1.dll 3.1MB
cygstdc++-6.dll 896KB
cyggmp-10.dll 495KB
cyggcc_s-1.dll 103KB
Dockerfile 734B
redund_win.exe 146KB
.gitignore 1KB
.gitignore 448B
.gitignore 70B
MANIFEST.in 101B
polco.jar 2.85MB
e_coli_core_fba.json 2KB
LICENSE 1KB
CalculateFluxModes.m 19KB
CreateFluxModeOpts.m 13KB
SignToDouble.m 5KB
e_coli_core.mat 112KB
README.md 7KB
readme_results_runscripts.md 1KB
readme_examples_and_results.md 1KB
java.opts 14B
network.py 51KB
intersect_directly_mpi.py 42KB
conversion_cone.py 33KB
main.py 21KB
helpers.py 17KB
custom_redund.py 14KB
bglu_dense_uncompiled.py 10KB
helpers_ECM_calc.py 10KB
compare_efms_ecms_number.py 3KB
nullspace.py 2KB
minimal_run_wo_sbml.py 2KB
analysis_iND750.py 1KB
ECM_calc_script.py 1KB
mpi_wrapper.py 1KB
cython_setup.py 898B
_bglu_dense.py 791B
setup.py 749B
__init__.py 97B
__init__.py 0B
_bglu_dense.pyx 12KB
redund_mac 221KB
run_docker_mac.sh 68B
iND750_runscript.txt 4KB
LICENSE.txt 2KB
conversions_iJR_hideallexceptglco2biomass.txt 845B
iIT_minII_H2Oboth_hideoutput_01102020_runscript.txt 413B
conversions_ecolicore_runscript.txt 216B
conversions_ecolicore_hideoutputs_tagPDH_runscript.txt 184B
conversions_ecolicore_hideoutputs_runscript.txt 166B
requirements.txt 76B
srep39647-s3.xls 444KB
iECW_1372.xml 8.72MB
iAF1260.xml 8.09MB
iND750.xml 4.53MB
iND750.xml 4.53MB
iJR904.xml 4.23MB
LactisFULLWOGlycolysis.xml 3.17MB
LactisFULLWOGlycolysis.xml 3.17MB
iIT341.xml 2.62MB
iIT341.xml 2.62MB
iNF517.xml 2.44MB
iIT341_active.xml 1.86MB
iIT341_active.xml 1.86MB
MG1363_20190628_active_subnetwork.xml 1.72MB
iAB_RBC_283.xml 1.66MB
iAB_RBC_283.xml 1.66MB
iAB_RBC_283_test2.xml 1.66MB
iAB_RBC_283_test.xml 1.66MB
iJW145.xml 795KB
iCG238.xml 788KB
bacteroid.xml 782KB
bacteroid.xml 782KB
iCG230.xml 753KB
sto00030.xml 662KB
iSR432.xml 657KB
iOR363.xml 591KB
original_network.xml 529KB
e_coli_core-2.xml 483KB
e_coli_core_fixed_formate.xml 483KB
e_coli_core.xml 483KB
e_coli_core.xml 483KB
e_coli_core_integer.xml 483KB
e_coli_core_rounded.xml 483KB
e_coli_core_rounded.xml 483KB
e_coli_core_r.xml 483KB
e_coli_core_nobm.xml 477KB
e_coli_core_red.xml 468KB
iPS189.xml 467KB
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