matlab由频域变时域的代码-DriverClonALTfate:具有ALTered祖细胞命运的驱动突变体克隆的动力学

matlab由频域变时域的代码DriverClonALTfate ::具有祖细胞命运的驱动突变体克隆的动力学 推断小鼠上皮中特定驱动突变体的祖细胞行为改变的计算方法。 这套方法允许基于对转基因小鼠中实验谱系追踪数据的建模和拟合，确定哪种机制驱动了驱动突变体克隆相对于WT竞争者的竞争优势。 该存储库包含以下手稿中最初使用的代码： Herms A，Colom B，Piedrafita G等。 （2020）正常食管中Pik3ca突变体克隆的竞争适应性由野生型细胞的代谢状态决定。 已提交 图形概要 概述 此存储库中包括的推断WT和突变细胞行为的计算方法基于鼠鳞状上皮细胞更新的单祖细胞（SP）模型范例。 假定野生型和突变型克隆均依赖经历随机命运但具有不同动力学特性的祖细胞的单个群体。 根据实验数据，假定分裂率（ Lambda ）在WT和突变祖细胞之间是不变的，但未知参数是对称分裂结果导致两个分裂或两个分化细胞（ r ）的概率，即分层率（ Gamma ）（与基底层中增殖细胞的比例有关（ rho ），而在突变体的情况下，两种可能的对称分裂结果（ Delta ）之间可能存在命运的不平衡。 为了确定突变