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矩阵位移法matlab代码-anisotropy:各向异性
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矩阵位移法matlab代码各向异性 数据处理和时空各向异性计算的代码概述 该存储库包含Matlab代码,用于处理SPT轨迹数据并计算多个时空尺度下的各向异性。 它还包含用于为HMM分类的SPT轨迹数据计算和拟合MSD的代码。 我们将首先描述一般的各向异性代码,最后描述HMM-MSD代码。 该代码与McSwiggen等人的论文“ DNA介导的核区室分离的证据不同于相分离”有关。 eLife,2019年。 快速教程:每一步 步骤1 :在多个时间尺度上获取SPT数据在这里,我们将使用提供的U2OS C32 Halo-hCTCF示例数据,该数据在目录UnProcessedExampleData提供,并包含3种帧频的数据: UnProcessedExampleData Hz, UnProcessedExampleData Hz, UnProcessedExampleData Hz。 第2步:合并和QC来自许多不同单个单元格的SPT数据 打开脚本MergeQC_SPT_data.m ,然后单击运行( MergeQC_SPT_data.m分钟)。 使用脚本合并来自多个单元格的数据。 相关函数: Re
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矩阵位移法matlab代码-anisotropy:各向异性 (245个子文件)
HMM_multiForwardBackward.c 7KB
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VBviterbi_log.c 5KB
VB_wAcount.c 3KB
How to run Batch HMM classification.docx 165KB
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testresult_vbSPT_HMM_short.log 4KB
U2OS_C32_Halo-hCTCF_133Hz_pooled_QC_CD2_classified.log 4KB
U2OS_C32_Halo-hCTCF_223Hz_pooled_QC_CD2_classified.log 4KB
U2OS_C32_Halo-hCTCF_74Hz_pooled_QC_CD2_classified.log 4KB
testdata_vbSPT.log 1012B
arrow.m 55KB
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Batch_vbSPT_classify.m 7KB
simCell.m 7KB
VB3_bsResult.m 7KB
Batch_vbSPT_classify.m 7KB
simCell_nonconst_D.m 7KB
VB3_varyData.m 6KB
VB3_createPrior.m 5KB
VB3_bootstrap.m 5KB
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VB3_createModel.m 4KB
inputScript_example.m 4KB
vbSPT_RunInputFileBatch2.m 4KB
vbSPT_RunInputFileBatch1.m 4KB
inputScript_example.m 4KB
vbSPT_RunInputFileBatch3.m 4KB
vbSPT_RunInputFileBatch.m 4KB
RemoveAmbigiousTracks.m 4KB
HMM_multiForwardBackward_m.m 4KB
TemporallyReSampleCellTracks.m 4KB
getDwellTRJ.m 4KB
MC2_logL.m 3KB
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VB3_getTrjStats.m 3KB
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VB3_getOptions.m 3KB
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VB3_getResult.m 3KB
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VB3_sortModel.m 3KB
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VB3_switching_diffusion_ddim.m 3KB
VB3_parameterEstimates.m 3KB
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VB3_license.m 2KB
VB3_removeState.m 2KB
getSL.m 2KB
rowNormalize.m 2KB
inputScript_nonconst_D_example.m 1KB
chopTrajExp_constStep.m 1KB
VBviterbi_log0.m 1KB
InferFrameRateFromName.m 1KB
ComputeAmpFWHM.m 1KB
chopTrajExp.m 1KB
HMM_multiForwardBackward.m 1KB
InferFrameRateFromName.m 1KB
EditRunInputFile_for_batch.m 1009B
dirpdf.m 872B
dirrnd.m 872B
EditRunInputFile_for_batch.m 852B
MakeTrajectories.m 843B
visualize_localisation.m 818B
VB3_convertOld.m 771B
plotc.m 574B
dwelltimedistribution.m 515B
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compile_code.m 245B
HMM_multiViterbi_log.m 219B
circle.m 204B
U2OS_C32_Halo-hCTCF_74Hz_pooled_QC_CD2.mat 21.67MB
U2OS_C32_Halo-hCTCF_133Hz_pooled_QC_CD2.mat 20.74MB
U2OS_C32_Halo-hCTCF_34.2Hz_pooled_QC_CD2_classified.mat 19.64MB
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