CuBlock 是一种跨平台的基因表达微阵列标准化方法。 来自一个平台的微阵列可以一起归一化,如文件“example.m”所示。 当研究包括分析源自多个平台的微阵列并且标准标准化方法不适用于减少平台间批次效应时,此方法很有用。
更多详细信息可在以下出版物中找到:Valentin Junet、Judith Farrés、José M Mas、Xavier Daura,CuBlock:基因表达微阵列的跨平台标准化方法,生物信息学,2021 年;btab105, https: //doi.org /10.1093/生物信息学/btab105
CuBlock 的输入是: -data:微阵列原始强度的 log2 变换,其中行是探针,列是样本。 -N:算法重复的次数。 默认情况下,N 设置为 30。 -k:用于应用 k-means 查找探针集群分区的探针集群的数量。 默认情况下,k 设置为 5。