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超大数据文件的快速基因序列搜索:搜索特定序列并记录具有偏移位置的相邻代码序列。-matlab开发
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2021-05-30
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哈佛的一个研究员让我写一个程序来搜索基因序列,比如'TCC',并记录接下来的4个代码。 数据文件为 14Gb。 他尝试了一些matlab代码,系统冻结,或者一直运行,而且从未停止过。 我首先使用循环方法(V1.0)进行了测试。 事实证明,在我的 1.8GHz Core 2 Duo/3Gb RAM PC 上完成 14Gb 数据需要一个月的时间。 然后,我更新了它以使用矩阵。 结果证明在我的 1.8Gb PC 上只需要 1.3 小时,在我的 2.33GHz Core 2 Duo/2Gb RAM PC 上只需要 40 分钟。 它击败了他使用 Python 或其他语言获得的任何代码。 我把文件放在这里,希望对有同样情况的人有用。
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