HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟 (2013年)

采用新开发的ffl2SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟，并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位，有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为- 85.78 kcal/mol，活性位抑制剂体系中为- 79.45 kcal/mol。这些结果有助于深入了解HIV-1