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数据融合matlab代码-iAnnotateSV:iAnnotateSV是一个Python库和命令行软件工具包,用于注释和可视化...
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数据融合matlab代码iAnnotateSV:从NGS检测到的结构变体的注释 作者: 贡献者: 和 接触: 源代码: 执照: iAnnotateSV是一个Python库和命令行软件工具包,用于注释和可视化从下一代DNA测序数据中检测到的结构变异。 对于大多数人来说,这种方法只是重写了Broad Institue的Mike Lawrence在matlab中编写的名为dRanger_annotate的工具。 但是它还具有一些其他功能,并且可以对注释使用什么转录本进行控制。 它设计用于混合捕获,包括整个外显子组和自定义目标面板,以及短读测序平台(例如Illumina)。 引文 我们正在发布描述iAnnotateSV的手稿,该手稿是结构变异检测框架的一部分。 如果您在出版物中使用此软件,请暂时引用我们的网站。 致谢 我要感谢来自Broad Institute的Mike Lawrence分享了他的代码,并感谢Michael Berger对dRanger_annotate工具的见解。 所需的包 我们要求您安装: Python: 熊猫: biopython: 枕头: openpyxl: repor
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数据融合matlab代码-iAnnotateSV:iAnnotateSV是一个Python库和命令行软件工具包,用于注释和可视化从下一代DNA (126个子文件)
iAnnotateSV.aux 3KB
.buildinfo 230B
.buildinfo 230B
setup.cfg 988B
sphinxmanual.cls 4KB
sphinxhowto.cls 3KB
basic.css 11KB
agogo.css 7KB
pygments.css 4KB
pygments.css 4KB
nature.css 4KB
default.css 4KB
iAnnotateSV.doctree 146KB
index.doctree 14KB
modules.doctree 3KB
.DS_Store 129B
iAnnotateSV.fjson 38KB
index.fjson 6KB
modules.fjson 4KB
genindex.fjson 172B
search.fjson 103B
ajax-loader.gif 673B
.gitattributes 56B
.gitignore 1KB
iAnnotateSV.html 40KB
index.html 8KB
modules.html 7KB
search.html 3KB
genindex.html 3KB
iAnnotateSV.idx 0B
iAnnotateSV.ilg 307B
iAnnotateSV.ind 0B
objects.inv 293B
objects.inv 286B
python.ist 267B
EWSR1-chr22_29688289_ERG-chr21_39775034_Translocation.jpg 508KB
EWSR1-chr22_29688289_ERG-chr21_39775034_Translocation.jpg 508KB
EWSR1-chr22_29688289_ERG-chr21_39775034_Translocation.jpg 508KB
EWSR1-chr22_29688289_ERG-chr21_39775034_Translocation.jpg 508KB
jquery-1.11.1.js 276KB
jquery.js 85KB
underscore-1.3.1.js 34KB
websupport.js 25KB
searchtools.js 15KB
underscore.js 12KB
doctools.js 9KB
searchindex.js 5KB
sidebar.js 5KB
searchindex.json 7KB
globalcontext.json 841B
last_build 0B
iAnnotateSV.log 28KB
Makefile 7KB
Makefile 2KB
Makefile 95B
iAnnotateSV.out 207B
environment.pickle 14KB
environment.pickle 14KB
comment-close.png 829B
comment-bright.png 756B
comment.png 641B
bgfooter.png 434B
bgtop.png 430B
file.png 286B
down-pressed.png 222B
up-pressed.png 214B
up.png 203B
down.png 202B
minus.png 90B
plus.png 90B
VisualizeSV.py 18KB
iAnnotateSV.py 13KB
AnnotationForKinaseDomain.py 11KB
FindTranscript.py 9KB
AddExternalAnnotations.py 9KB
AnnotateEachBreakpoint.py 8KB
conf.py 8KB
PredictFunction.py 3KB
AnnotateForCosmic.py 3KB
AnnotateForRepeatRegion.py 3KB
test_iAnnotateSVs.py 3KB
AnnotateForDGv.py 3KB
FindCanonicalTranscript.py 2KB
setup.py 2KB
helper.py 2KB
models.py 632B
__init__.py 169B
__init__.py 102B
README.rst 22KB
iAnnotateSV.rst 20KB
index.rst 3KB
CHANGES.rst 951B
modules.rst 70B
sphinx.sty 63KB
fncychap.sty 18KB
tabulary.sty 14KB
iAnnotateSV.tex 31KB
iAnnotateSV.toc 890B
hg19_repeatRegion.tsv 134B
hg19_DGv_Annotation.tsv 133B
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