全国中小企业股份转让系统，通常被称为新三板，是中国的一个证券交易市场，主要服务于中小型企业。该系统针对特定情况下的股份协议转让制定了详细的规则，旨在规范市场行为，保障投资者权益，并促进并购重组等经济活动。以下是对《全国中小企业股份转让系统挂牌公司股份特定事项协议转让细则》的主要内容的详细解读：
第一条明确了制定该细则的目的，是为了满足市场参与者在并购重组等特定事项中的协议转让需求，依据《全国中小企业股份转让系统股票交易规则》等相关规定。
第二条定义了特定事项协议转让，即转让双方基于特定原因如收购、股权变动、控制关系建立或引入战略投资者等达成转让协议，并向全国股转公司和中国证券登记结算有限责任公司申请确认和过户登记的转让方式。
第三条指出所有特定事项的股份协议转让都必须在新三板市场内进行，由全国股转公司和中国结算集中办理，禁止任何场外非法交易。
第四条列举了可以申请特定事项协议转让的六种情况，包括但不限于：涉及5%以上公司总股本的转让、关联方之间的转让、外国投资者的战略投资等。
第五条规定了转让价格的设定，一般情况下不得低于转让协议签署日股票大宗交易价格下限，特殊情况按法律法规执行。
第六条指出转让股份应为无限售条件流通股，除非有特别规定。
第七条至第九条明确了全国股转公司和中国结算在审核和办理股份转让中的职责，包括申请材料的形式审核、股份持有状况查询和转让合规性确认。
第十条至第十三条规定了股份转让双方在协议达成后的申请流程，包括向全国股转公司申请确认、向中国结算申请过户登记，以及相关审核时间。
第十四条规定了在股份转让过程中，如果涉及特定情况如董监高持股转让、控制关系证明、免于全面要约收购证明、国有资产批准文件等，需提交额外的证明文件。
该细则的出台，旨在维护新三板市场的公平、公正、透明，确保股份转让过程的合法性和有效性，为投资者提供一个有序的交易环境，同时也为企业提供了一个更灵活的资本运作平台。对于涉及特定事项的协议转让，企业和投资者都需要遵循这些规定，以避免违规行为，保护自身的合法权益。
