# MATLAB Special Heatmap
#### 介绍
Zhaoxu Liu / slandarer (2023). special heatmap (https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/125520-special-heatmap), MATLAB Central File Exchange. 检索来源 2023/3/1.
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链接:https://pan.baidu.com/s/13t5w0aVzCWebNwaFfWSlnw?pwd=slan \
提取码:slan
### 1 基础使用(Basic use)
#### 1.1 非负矩阵(Draw positive heat map)
```matlab
figure()
Data=rand(15,15);
SHM1=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM1=SHM1.draw();
```
![输入图片说明](gallery/Basic_positive.png)
#### 1.2 绘制有负数热图(Contains negative numbers)
```matlab
figure()
Data=rand(15,15)-.5;
SHM2=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM2=SHM2.draw();
```
![输入图片说明](gallery/Basic_negative.png)
#### 1.3 绘制不同大小热图(Draw heat maps of different sizes)
```matlab
figure()
Data=rand(25,30);
SHM4=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM4=SHM4.draw();
```
![输入图片说明](gallery/Basic_25_30.png)
#### 1.4 调整colorbar位置(Adjust the colorbar Location)
```matlab
figure()
Data=rand(3,12);
SHM5=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM5=SHM5.draw();
CB=colorbar;
CB.Location='southoutside';
```
![输入图片说明](gallery/Basic_colorbar_location.png)
#### 1.5 绘制有NaN热图(Draw heat map with NaN)
```matlab
figure()
Data=rand(12,12)-.5;
Data([4,5,13])=nan;
SHM6=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM6=SHM6.draw();
```
![输入图片说明](gallery/Basic_with_NaN.png)
#### 1.6 绘制有文本热图(Draw heat map with texts)
使用 setText() 方法显示文字:
Use the setText() method to display text:
```matlab
figure()
Data=rand(12,12)-.5;
Data([4,5,13])=nan;
SHM7=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM7=SHM7.draw();
SHM7.setText();
```
![输入图片说明](gallery/Basic_with_text.png)
#### 1.7 绘制带标签热图(Draw heat map with labels)
改x轴y轴标签就还是设置 XTickLabel 和 YTickLabel :
Change the x-axis and y-axis labels by setting XTickLabel and YTickLabel :
```matlab
figure()
Data=rand(12,12);
SHM8=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM8=SHM8.draw();
ax=gca;
ax.XTickLabel={'X-1','X-2','X-3','X-4','X-5','X-6','X-7','X-8','X-9','X-10','X-11','X-12'};
ax.YTickLabel={'Y-1','Y-2','Y-3','Y-4','Y-5','Y-6','Y-7','Y-8','Y-9','Y-10','Y-11','Y-12'};
ax.FontSize=14;
```
![输入图片说明](gallery/Basic_with_labels.png)
### 各类型热图绘制(Preparation of various Format of heat maps)
+ sq : square (default) : 方形(默认)
+ pie : pie chart : 饼图
+ circ : circular : 圆形
+ oval : oval : 椭圆形
+ hex : hexagon :六边形
+ asq : auto-size square :自带调整大小的方形
+ acirc : auto-size circular :自带调整大小的圆形
```matlab
% sq : square (default) : 方形(默认)
% pie : pie chart : 饼图
% circ : circular : 圆形
% oval : oval : 椭圆形
% hex : hexagon :六边形
% asq : auto-size square :自带调整大小的方形
% acirc : auto-size circular :自带调整大小的圆形
Format={'sq','pie','circ','oval','hex','asq','acirc'};
A=rand(12,12);
B=rand(12,12)-.5;
for i=1:length(Format)
disp(['Format--',Format{i}])
% 绘制纯正数热图(Draw positive heat map)
figure();
SHM_A=SHeatmap(A,'Format',Format{i});
SHM_A=SHM_A.draw();
% exportgraphics(gca,['Format_',Type{i},'_A.png']) % 存储图片
% 绘制含负数热图(Draw heat map with negative number)
figure();
SHM_B=SHeatmap(B,'Format',Format{i});
SHM_B=SHM_B.draw();
% exportgraphics(gca,['Format_',Type{i},'_B.png']) % 存储图片
end
```
![输入图片说明](gallery/Format_sq_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_sq_B.png)
![输入图片说明](gallery/Format_pie_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_pie_B.png)
![输入图片说明](gallery/Format_circ_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_circ_B.png)
![输入图片说明](gallery/Format_oval_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_oval_B.png)
![输入图片说明](gallery/Format_hex_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_hex_B.png)
![输入图片说明](gallery/Format_asq_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_asq_B.png)
![输入图片说明](gallery/Format_acirc_A.png)
![输入图片说明](gallery/Format_acirc_B.png)
### 3 调整colormap(Adjust colormap)
#### 3.1 调整clim(Adjust clim)
使用 clim() 或者 caxis() 调整颜色映射范围
Use function clim() or caxis() to set the CLim
```matlab
fig=figure('Position',[50,50,1400,700]);
% random data
Data=rand(12,12)-.5;
Data([4,5,13])=nan;
% subplot1
ax1=axes('Parent',fig,'Position',[0+1/40,0,1/2-1/20,1]);
SHM_ax1=SHeatmap(Data,'Format','sq','Parent',ax1);
SHM_ax1=SHM_ax1.draw();
SHM_ax1.setText();
% subplot2 adjust clim
ax2=axes('Parent',fig,'Position',[1/2+1/40,0,1/2-1/20,1]);
SHM_ax2=SHeatmap(Data,'Format','sq','Parent',ax2);
SHM_ax2=SHM_ax2.draw();
clim([-.8,.8])
SHM_ax2.setText();
```
![输入图片说明](gallery/Colormap_clim.png)
#### 3.2 使用MATLAB自带colormap(Use the built-in colormap in MATLAB)
```matlab
figure()
Data=rand(14,14);
SHM_Bone=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM_Bone.draw();
colormap(bone)
```
![输入图片说明](gallery/Colormap_bone.png)
#### 3.3 slanCM(slanCM colormap)
Zhaoxu Liu / slandarer (2023). 200 colormap (https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/120088-200-colormap), MATLAB Central File Exchange. 检索来源 2023/3/15.
```matlab
% 单向colormap或离散colormap
for i=[20,21,61,177]
figure()
Data=rand(14,14);
SHM_slan=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM_slan.draw();
colormap(slanCM(i))
exportgraphics(gca,['gallery\Colormap_slanCM_',num2str(i),'.png'])
end
% 双向colormap(Diverging colormap)
for i=[141,136,134]
figure()
Data=rand(14,14)-.5;
SHM_slan=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM_slan=SHM_slan.draw();
clim([-.7,.7])
colormap(slanCM(i))
SHM_slan.setText();
exportgraphics(gca,['gallery\Colormap_slanCM_',num2str(i),'.png'])
end
```
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_20.png)
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_21.png)
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_61.png)
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_177.png)
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_141.png)
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_136.png)
![输入图片说明](gallery/Colormap_slanCM_134.png)
### 4 整体修饰(Overall decoration)
setBox :修饰边框
setPatch :修饰图形
setText :修饰文本
```matlab
figure()
Data=rand(10,10);
SHM=SHeatmap(Data,'Format','pie');
SHM=SHM.draw();
% 容器边框设置为蓝色
% 图形边框设置为红色
% The container box border is set to blue
% The drawing border is set to red
SHM.setBox('Color',[0,0,.8])
SHM.setPatch('EdgeColor',[.8,0,0])
figure()
Data=rand(10,10);
Data([4,5,13])=nan;
SHM=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM=SHM.draw();
% 设置文本为蓝色并修改字号
% Set the text to blue and modify the font size
SHM.setText('Color',[0,0,.8],'FontSize',14)
```
![输入图片说明](gallery/All1.png)
![输入图片说明](gallery/All2.png)
### 5 局部修饰(Partial decoration)
setTextMN
setPatchMN
设置第m行n列对象的属性:举个例子,把数值大于0.9部分文字变为星号,并用红色框框起来,并改编NaN处颜色。
Set the attributes of the object in row m and column n: for example, change the text with a value greater than 0.9 into an asterisk, frame it in red, and adapt the color at NaN.
```matlab
figure()
Data=rand(9,9);
Data([4,5,13])=nan;
% 绘制方块形状热图
SHM=SHeatmap(Data,'Format','sq');
SHM=SHM.draw();
% 显示文本(Show Text)
SHM.setText();
for i=1:size(Data,1)
for j=1:size(Data,2)
if Data(i,j)>=.9
SHM.setTextMN(i,j,'String','**','FontSize',20) % 修改>=0.9方块颜色
SHM.setPatchMN(i,j,'EdgeColor',[1,0,0],'LineWidth',2) % 修改>=0.9方块文本为**
end
if isnan(
MATLAB Special Heatmap MATLAB Central File Exchange. 检索来源 2023/3
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更新于2024-01-08
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【MATLAB特殊热图】
MATLAB是一款强大的数学计算软件,广泛应用于工程、科学和数据分析等领域。在提供的压缩包中,我们关注的是一个专门用于创建特殊热图的工具或函数集。热图是一种可视化数据的方法,它用颜色表示矩阵或数组中的数值,帮助用户快速识别模式和趋势。
该文件交换中的"MATLAB Special Heatmap"可能包含了一系列用于扩展MATLAB原生热图功能的自定义函数。这些函数可能提供了更多的定制选项,如颜色映射、数据分组、树状图集成以及多层结构的展示等。
1. **LICENSE** 文件:通常包含软件的许可协议,规定了该代码的使用、分发和修改权限。对于开源项目,这通常是MIT、GPL或BSD等类型的许可。
2. **SHeatmap.m**:这是主要的热图绘制函数,可能是用户与这个特殊热图库交互的入口。它可能包含了自定义的颜色映射、数据处理和图形渲染逻辑。
3. **demo11_TreeGroup.m**、**demo8_Tree.m**:这些是演示文件,用于展示如何使用热图函数与树状图结合来显示数据的分组结构。树状图是数据聚类的一种表示方式,可以帮助用户理解数据之间的层次关系。
4. **SDendrogram.m**: dendrogram是树状图的一种,常用于可视化聚类结果。此文件可能是创建或调整 dendrogram 的辅助函数。
5. **demo6_triType.m**:可能展示了如何处理三角形或不规则形状的热图,这在处理非对称数据时非常有用。
6. **SClusterBlock.m**:可能涉及热图块的集群或分组,允许用户按特定规则组织热图的单元格。
7. **demo1_BasicUse.m**、**demo3_Colormap.m**、**demo10_Multilayer.m**:这些是其他示例脚本,分别展示了基本使用方法、自定义颜色映射和构建多层热图的功能。颜色映射对可视化至关重要,因为它直接影响到数据的理解。
通过这些文件,用户不仅可以创建基本的热图,还可以进行更复杂的定制,例如自定义颜色映射以更好地反映数据的差异,或者通过树状图和集群结构来揭示数据的内在结构。此外,多层热图允许用户同时比较不同层面或维度的数据,这对于多变量分析尤其有用。
在实际应用中,这个MATLAB Special Heatmap工具可能适用于生物信息学(如基因表达分析)、社会科学(如关联规则挖掘)以及工程领域(如材料性能分析)等,为用户提供了一种强大的数据可视化手段。通过学习和使用这些示例脚本,用户可以进一步提升自己的MATLAB编程技巧,并在工作中实现更高效的数据探索和展示。
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