（转）AtomEye 的一些使用方法
AtomEye 的一些使用方法
下面就是该软件的一些基本使用，翻译成中文仅供初学者使用，英文的原版手册在本帖的附件中。
当前的 Atomeye 支持三种文件格式：PDB，标准 cfg 和扩展 cfg。扩展 cfg 的格式使用的较为方便，我
都是把文件转换成这个格式来用 Atomeye 读取的。
（一）
下载 Atomeye
从往常下载的 Atomeye 文件名都是 A.i686，复制到自己的电脑上时有时会失去可执行的属性，可先进
行以下操
mv A.i686 atomeye
//将文件名该为 atomeye（我通常的做法）
chmod 755 atomeye
//赋予 atomeye 以可执行的属性
执行 Atomeye
./atomeye lename
//lename 是需要读取的 cfg 文件名
以 上面得到的 0.bdl.cfg 为例，./atomeye 0.bdl.cfg 敲回车键就可以显示原子图像了。运行后会出现两
个界面，一个是原子图像的界面，另一个是操作符界面。把原子图像的窗口最大化后，可以想 VMD 一样
用鼠标拖拉产生旋转，看 Atomeye 似乎更适合用键盘的快捷键。因此，除了用鼠标点击原子图像和操作
符界面以切换窗口外，个人建议尽量少用鼠 标来完成操作。
（二）对原子图像的操作：
Atomeye 的图像并不像 VMD 有坐标轴的标识，初始的图像默认的坐标系为横向 x 轴，纵向 y 轴，透视
方向 z 轴：
(1)
透视的立体图与平面图的转换：按 Tab 键
(2)
图像的整体旋转：按方向键↑↓←→即可
(3)
原子半径的放大与缩小：按 PageUp 和 PageDown 键
(4)
图像的平移：同时按 Ctrl 加方向键（↑↓←→）
(5)
图像在平面内的旋转： 同时按 Shift 加方向键
(6)
图像的整体放大与缩小，这个用鼠标的滑轮比较方便，也可以在立体图下用 Ctrl+Shift+↑(或↓)组合键
来控制
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