一个经验力场计算(能量最小化或分子动力学)中花费最大的部分是非键参数的确
定(库仑相互作用和范德华力)。涉及力场的计算会用各种方法来计算非键参数,随所研
究系统的尺度和类型而变化。不过对范德华力默认的方法是原子级模拟,对库仑相互作用
则是 Ewald 加和模拟。
对某些聚合物,可以用一组原子而不是单个原子来逼近非键参数。这种方法叫作
charge groups 。本教程中你会从头到尾用到这个方法。这种方法可以在不损害精度的情
况下加速计算。
现在聚合体将自动用 charge groups 来计算,如果要显示的话,点击 Display Style
对话框。
激活 Polydimeth_siloxane.xsd 文档。右键点击 3D 原子文档,选取 Display
Style 。在 Display Style 对话框中,把 Color by 选项改成 Charge Group 。
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