"MEGA 使用教程"
MEGA 是一款功能强大且广泛应用于生物信息学和系统发育生物学的软件。以下是 MEGA 使用教程的知识点总结:
1. 序列文件格式转换:将拼好的序列和下载的序列填入一个 txt 文档中,保存后将文件后缀由 .txt 改成 .fas。这个步骤非常重要,因为 MEGA 软件只能读取特定的文件格式。
2. MEGA 软件启动和文件打开:打开 MEGA 5.05 软件,点击菜单栏 File,选择 open a file,打开刚才的 .fas 文件。这个步骤将打开 MEGA 软件的主界面,并加载序列文件。
3. 序列对齐:在主窗口中,点击上方工具栏 W 标志,将序列比对对齐。这个步骤将对序列进行比对和对齐,以便后续的分析。
4. 序列保存:点击工具栏的保存图标,将文件进行保存,格式为 mas 格式。这个步骤将序列保存为 MEGA 软件的特定格式,以便后续的分析。
5. 序列重新加载:关闭上一个副窗口,回到主窗口,重新在 File 中打开刚保存的 .mas 格式的文件。这个步骤将重新加载序列文件,以便进行后续的分析。
6. 数据分析:在工具栏 Data 中打开刚才保存的 .mas 文件, Analysis 分析。这个步骤将对序列进行分析,并显示 TA 图标。
7. 碱基组成信息:点击工具栏 statistics,选择第一项进行核酸比较。这个步骤将显示碱基组成信息,并可以在 excel 表中导出。
8. 遗传距离计算:点击主窗口中 Distance 中的第一项,可对物种之间遗传距离进行计算。这个步骤将计算物种之间的遗传距离,并显示结果。
9. 系统发育树构建:点击主窗口中 Phylogeny 下选择想用的算法(最大似然法 ML 或者是邻接法 NJ),一般选用 ML。这个步骤将构建出一个系统发育树,并显示结果。
10. 树的拓扑结构调整:左侧工具栏可对树的拓扑结构进行调整。这个步骤将调整树的拓扑结构,以便更好地展示系统发育关系。
11. 文件保存:点击保存,将文件保存成 mts 格式(仅可以用 MEGA 打开)。也可以点击上方工具栏中的 Image,save as 为其他格式。这个步骤将保存系统发育树,以便后续的分析和展示。
通过这个 MEGA 使用教程,我们可以学习如何使用 MEGA 软件进行序列分析、系统发育树构建和遗传距离计算,为生物信息学和系统发育生物学研究提供了有力的支持。