第十四章 提交DNA序列到数据库.doc.doc
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在本章中,主要讨论了如何将DNA序列及其相关注解提交到公共数据库,特别是与DDBJ(日本核苷酸序列数据库)、EMBL(欧洲分子生物学实验室数据库)和GenBank(美国国立生物技术信息中心数据库)这三个国际核苷酸序列协作数据库相关的内容。提交DNA序列到这些数据库是科学研究中的一个重要步骤,因为这有助于共享和验证研究成果,同时也是许多科学期刊发表论文的要求。 提交序列有两种主要方法:基于互联网的Bankit工具和Sequin程序。Bankit是一个便捷的在线工具,适用于快速简单的提交,而Sequin则是一个功能更强大的多平台程序,支持ASN.1格式编辑,不仅可以在有网络连接时使用,也可以离线操作。Sequin不仅用于序列提交,还被设计为NCBI序列分析工具的未来平台,因此对于需要深入分析的用户来说,Sequin是一个理想的工具。 随着基因组测序技术的发展,如ESTs(表达序列标签)和基因组序列的大量增加,提交序列的需求也在快速增长。这导致了批量提交协议的出现,以处理每天甚至每周成千上万的记录。这些记录通常是标准化且适合自动化处理的,比如EST测序产生的简单记录。 提交过程涉及国际间的协作,向任何一个数据库提交的记录会在几天内同步到其他两个数据库,确保全球研究社区的广泛访问。同时,提交到这三个主要数据库之一可以避免数据冗余和重复工作。大多数科学期刊要求在文章中引用的核苷酸序列有国际协作数据库的加入号码作为验证。 提交内容应包括充分注解的生物学信息,如核苷酸和蛋白质序列、编码序列(CDS)、基因、mRNA特征、生物来源信息以及相关文献引用,以确保序列的完整性和可用性。提交过程虽简单,但需要确保数据的准确性和无误,避免载体污染,以提供有价值的科研资源。 目前,提交通常是通过电子方式进行,如互联网、电子邮件或邮寄磁盘。尽管传统的授权软件提交仍被接受,但已被现代的在线工具和电子邮件系统所取代,因为它们更为便捷和高效。在提交之前,研究人员应确保选择最适合自己的数据库,考虑地理位置、以往经验或期望的关注度。 总之,提交DNA序列到公共数据库是生物学研究的重要组成部分,它促进了科学信息的交流和验证,同时也确保了数据的标准化和可用性。了解并掌握正确的提交流程和注意事项,对于科研工作者来说至关重要。
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