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序列比对的一些算法思想.pptx
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序列比对的一些算法思想.pptx
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序列比对的一些算法
思想
微生物组: 曾柳
红
201
1-8-1
1
一、序列比对
的意义
•
确定特定的蛋
白质或者核
酸序列有哪
些直系同源或
旁系同源序列
。【搜索整
个数据库】
•
确定哪些蛋白
质和基因在
特定的物种
中出现。
•
确定一个
DNA
或蛋白质序列身份
。
•
发现
新基因
。
•
确定一个特定
基因或者蛋
白质有哪些
已经被发现了
的变种。
•
研究可能存在
多种剪接方
式的表达序
列标签。
•
寻找对于一个
蛋白质的功
能和
/
或结构域起关
键作
用的氨基酸残
基。
二、序列比对的
一般过程
确定需要比对的序列
选择合适的打分系
统
选择合适的比对算法
判断比对结果的显著性
(一)序列比对
的得分系统
1
,核酸的得分矩阵(
W
eight Ma
trices
)
核酸打分矩阵设
D
NA
序列所用的
字母表为
=
{ A
,
C
,
G
,
T
}
a.
等价矩阵
A
T
C
G
A
1
0
0
0
T
0
1
0
0
C
0
0
1
0
G
0
0
0
1
AGTCGA
AATCGT
得
分
4
b.
转换颠换矩阵(
transition
,
tra
nsversion
)
(嘌呤:腺嘌呤
A
,鸟嘌呤
G
;嘧啶:胞嘧
啶
C
,胸腺嘧啶
T
)
b
c
c.BLAST
矩阵
A
T
C
G
A
1
-5
-5
-1
T
-5
1
-1
-5
C
-5
-1
1
-5
G
-1
-5
-5
1
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