的电子)和量子力学(采用薛定谔方程考虑外围电子的影响,分为从头计算方法和半经验方法)。
常用的计算应用有:(1)单点能计算:根据模型中原子的空间位置给出相应原子坐标的势能;
(2)几何优化:系统的修改原子坐标使原子的三维构象能量最小化;(3)性质计算:预测某些物理
化学性质,如电荷、偶极矩、生成热等;(4)构象搜索:寻找能量最低的构象;(5)分子动力学模
拟:模拟分子的构象变化。
方法选择重要有三个标准:(1)模型大小;(2)可用的参数;(3)计算机资源
四、计算化学中的基本概念
1、坐标系统
分为笛卡尔坐标(三维空间坐标)和内坐标(Z 矩阵表达,参数为键长、键角、二面角数据)。
前者适合于描述一系列的不同分子,多用于分子力学程序,有 3N 个坐标;后者常用于描述单分子
系统内各原子的互相关系,多用于量子力学程序,有 3N-6 个坐标。
2、原子类型:用来标记原子属性。
3、势能面
体系能量的变化被认为能量在一个多维的面上运动,这个面被称为势能面。坐标上能量的一阶
导数为零的点为定点(原子力为零,局部或全局最稳定)。
4、面积
Van der Waals 面积:原子以 van der Waals 为半径的球的简朴堆积。
分子面积:试探分子(常为半径 1.4Å 的水分子)在 Van der Waals 面积上滚动的面积(涉及试
探球与分子的接触面积和分子空穴产生的悬空面积)。
可接近面积:试探球在分子 van der Waals 表面滚动时试探球原点处所产生的面积。
5、单位:键长多用 Å(埃,angstroms),键能多用 kcal/mol 表达。
五、计算机辅助药物设计软件及限制
目前 CADD 存在的问题:蛋白质结构三维结构的真实性和可用性问题(细胞膜上的受体或跨膜
蛋白离开原先环境,空间排列会发生很大变化,难以得到真实的三维空间结构;大量受体结构未知;
很多受体只有一级结构,获得的三维结构有限);受体-配体互相作用的方式问题;设计的分子能否