【计算机辅助药物设计】
计算机辅助药物设计（Computer-Aided Drug Design, CADD）是一种利用计算机技术预测和设计药物分子的方法，旨在提高药物发现过程的效率和成功率。它结合了化学、生物学、物理学和数学等多个领域的知识，通过各种计算工具来理解和优化药物与靶点之间的相互作用。
1. 计算机辅助药物筛选：这是一种统计分析方法，用于处理大量化合物的生物活性数据，以识别具有潜在药效的候选物。
2. 三维结构搜寻法：这种方法基于已知的药物或类似物的三维结构，寻找可能与目标靶点形成稳定结合的新化合物。
3. 分子碎片法：当靶点结构未知时，这种方法将大分子拆分成小片段，然后组合成新的分子结构，以设计新药。
4. 分子动力学：在CADD中，分子动力学用来模拟分子在不同环境下的动态行为，包括药物与靶点间的相互作用和结合速率。
5. 计算机分子模型：这种技术允许研究人员可视化药物和靶点间的相互作用，有助于理解结合机制。
6. 模板定位法：当受体蛋白的三维结构未知时，可以使用具有相似结构和功能的已知蛋白质作为模板来设计新药。
7. 新化学实体（NCE）：用三维结构搜寻法设计的药物不一定是全新的化学结构，它们可能是已知化合物的变体。
8. 原子生长法：在靶点结构未知的情况下，可以通过逐步添加原子来构建新分子。
9. 核磁共振与X-射线晶体学：这两种技术都用于确定分子的三维结构，但核磁共振通常提供更为动态的信息，而X-射线晶体学则给出静态的结构。
10. 分子力学：主要应用于计算分子的能量和构象，帮助理解其稳定状态。
11. 计算机辅助药物设计软件：完整的软件系统通常包括数据库、参数运算、数据转换、解析、预测、显示和操作等组件。
12. 比较分子力场分析（CoMFA）：这属于三维定量结构-活性关系（3D-QSAR）方法，需要已知药物分子的生物活性数据和三维结构。
13. 5-羟色胺：在体内参与神经传递，可通过食物摄取和体内合成。
14. 5-HT3受体：属于配体门控离子通道，与多种生理功能相关，如镇痛。
15. 甾体类激素受体：为胞内受体，对甾体激素有特异性响应。
16. 跨膜蛋白质：许多受体，如5-HT3受体，都是跨膜蛋白，介导信号转导。
17. 5-HT3受体抑制剂：常用于治疗恶心和呕吐，而非作为镇痛剂。
18. 三维结构已知的药物设计：直接药物设计方法依赖于靶点的精确结构信息。
19. 网上检索专业文献：既有优点也有缺点，方便查找相关论文的同时，也可能错过一些重要文献。
20. 能量和低能构象计算：量子力学、分子力学和分子动力学等方法常用于此目的。
21. Monte Carlo方法：通过随机抽样找到分子的代表性构象。
22. 分子模型：不仅展示分子结构，还能反映分子性质。
23. 探针计算：网格法中的探针步长影响计算量，步长减半，计算量会翻倍。
24. ChemDraw：分子结构绘图软件，便于分子结构的可视化和文档整合。
25. 分子碎片法：用于评估分子不同构象的能量，帮助筛选稳定构象。
26. CoMFA：属于3D-QSAR方法，用于研究分子结构与活性的关系。
27. 三维结构搜寻方法：设计的药物可能是化学结构已知的化合物，而非全新的分子。
28. X-射线晶体学与核磁共振：两者各有优势，前者适用于静态结构，后者适用于动态信息。
29. 分子动力学：可模拟分子的运动轨迹，包括反应速度。
30. 计算机分子模型：用于模拟和预测药物与受体的相互作用，帮助优化药物设计。
31. 全新药物设计：设计出的新分子是NCEs，代表创新性药物开发。
32. 原子生长法：在已知靶点结构时，可用来构建与靶点匹配的新药物分子。
33. 三维结构搜寻法：设计的化合物基于已知化学结构。
34. 分子碎片法：在靶点未知时，通过组合分子片段来设计新药。
35. 分子动力学：主要计算分子反应的动态过程。
36. 模拟药物与受体作用：计算机模型能预测和分析这种相互作用。
37. 全新药物设计：设计出的NCEs代表了创新药物研发的过程。
选择填空题答案：
1. B. 核磁共振技术
2. C. 全新药物设计
3. B. 3D-QSAR
4. A. 量子化学；B. 分子力学；C. 分子动力学
5. D. 三维结构搜寻法
6. B. 间接药物设计
