2014 Discovery Studio 4.0基本操作.pdf
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2024-03-28
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Discovery Studio 基本操作
目的： 通过此教程，了解并掌握 Discovery Studio 中一些基本操作。
所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client
所需数据文件：pk-400.sd 和 1aq1.pdb。
所需时间：30 分钟
介绍
在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。为后续
的体系处理做好准备工作。这个教程包括：
小分子配体准备
蛋白文件的处理
小分子配体准备
在 Discovery Studio（DS）中，可以直接构建分子结构，也可以将在其它画图软件中画好的
结构直接拷贝到 DS 中，本教程演示如何在 DS 中构建小分子结构。
1. 调用 Sketching 功能
从 View 菜单下，打开 Toolbars，选择 Sketching。
Toolbars 中将显示各种 Sketching 的工具，这些工具可以用来构建化合物的初始结构。
2. 利用 Sketching 构建化合物的 3D 空间构象
打开一个分子显示窗口（Molecule Window），菜单栏 File|New|Molecule Window。
注：DS 中有四种窗口模式，包括 Molecule window（显示分子结构），Protein Sequence Window
（显示蛋白序列），Nucleotide Sequence Window（显示核酸序列），Script Window（显示脚
本语言），因此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。
DS 中构建化合物的 3D 空间构象非常容易，也非常灵活。本教程以以下化合物为示例，以
图示的方法演示如何构建化合物的结构。
N
H
Cl O
O
S
OH
N
NH
选择 ，在窗口中画出结构 1。
点击 （可以通过菜单栏 View|Toolbars|Sketching 调出）将其选中，然后选择菜单栏
Chemistry|Bond|Aromatic 得到结构 2。
选择 ，鼠标指于芳环单键处并单击，构建稠环结构 3。
选择 ，构建连接单键，再选择 ，鼠标指于 C 原子处并单击构建环状结构，最后得到
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