Discovery Studio 4.0 CDOCKER 教程.pdf

### Discovery Studio 4.0 CDOCKER 教程详解 #### 一、概述 Discovery Studio 4.0 CDOCKER 教程旨在指导用户如何利用Discovery Studio软件中的CDOCKER模块来进行分子对接，这是一种基于CHARMm力场的精确分子对接方法。通过本教程的学习，用户能够掌握准备对接体系、运行CDOCKER及对接结果分析的基本步骤。 #### 二、所需资源与环境 - **软件环境**： - Discovery Studio Client：提供图形用户界面和计算功能。 - DS CDOCKER：具体的分子对接模块。 - **数据文件**： - `1EQG.dsv`：包含COX-1受体的三维结构文件。 - `1EQD-ibuprofen-conf.sd`：包含初始构象的布洛芬分子文件。 - `1EQG-ibuprofen.sd`：用于对比的配体文件。 - **预期时间**：大约15分钟。 #### 三、知识点详解 ##### 3.1 准备对接体系 1. **加载蛋白质结构**： - 使用“文件浏览器”(Files Explorer)定位到Samples | Tutorials | Receptor-Ligand Interactions目录下的`1EQG.dsv`文件，并双击打开。 - 这将在分子窗口中展示COX-1受体的三维结构及其活性位点（图1）。 - **图1**：蛋白质三维结构示意图 2. **定义结合位点**： - 在“工具浏览器”(Tools Explorer)中选择Receptor-Ligand Interactions | Define and Edit Binding Site。 - 使用Show/Hide Residues Outside Sphere 和 Show/Hide Sphere来定义结合位点。 - 通过View|Transform|Fit To Screen使结合位点的氨基酸在窗口中居中显示（图2）。 - **图2**：蛋白质活性位点氨基酸 3. **加载配体分子**： - 通过“文件”菜单中的Open...命令，打开Samples | Tutorials | Receptor-Ligand Interactions目录下的`1EQG-ibuprofen-conf.sd`文件。 - 这将展示一个随机构象的布洛芬分子（图3）。 - **图3**：配体小分子结构 ##### 3.2 运行CDOCKER 1. **设置参数**： - 在“工具浏览器”(Tools Explorer)中选择Receptor-Ligand Interactions | Dock Ligands | Dock Ligands (CDOCKER)。 - 在弹出的参数设置面板中，配置Input Receptor为`1EQG:1EQG`。 - 设置Input Ligands为`1EQG-ibuprofen-conf:All`。 - 选择Input Site Sphere并指定sphere的坐标及半径。 - 设置Top Hits中的Pose Cluster Radius为0.5埃，RMSD阈值为0.5埃，确保对接构象的多样性和准确性。 - 点击Run启动计算过程（图4）。 - **图4**：CDOCKER参数设置 2. **运行过程**： - CDOCKER算法将根据设定的参数进行分子对接计算，寻找最佳的配体-受体结合模式。 ##### 3.3 CDOCKER结果分析 1. **查看对接结果**： - 作业完成后，对接结果将自动在新窗口中打开，展示配体的所有可能对接构象。 - 或者，可以在“作业浏览器”(Jobs Explorer)中双击完成的分子对接作业，通过Report窗口查看并分析对接结果。 2. **分析非键相互作用**： - 使用Receptor-Ligand Interactions | View Interactions | Ligand Interactions功能，可以通过不同颜色的虚线直观地展示受体与配体之间的非键相互作用。 - 这有助于分析哪些氨基酸残基与配体形成了关键的相互作用（图5）。 - **图5**：非键相互作用分析 #### 四、总结 本教程详细介绍了如何使用Discovery Studio 4.0中的CDOCKER模块进行分子对接的过程，包括准备对接体系、运行CDOCKER及对接结果的分析等关键步骤。通过这些步骤，用户可以深入理解分子对接的基本原理和技术细节，为进一步的研究工作打下坚实的基础。