This set of programs suppress/remove the photostimulation artifacts due to photostimulation.
Procedure:
1. Run Matlab code "photostimulationArtifactRemover.m". This code takes in the raw recording and outputs corrected recording for individual corrected photostimulation session where the photostimulation artifacts are suppressed. If there are N photostimulation sessions, it will output N tif files.
2. Open ImageJ, run macro program "ConcatenateStack_ImageJMacro.txt". This macro takes in the raw recording, and replaces the contanminated recording sessions with the corrected ones output from the Matlab program.
Detailed comments are written in both Matlab and ImageJ macro program.
Author: Weijian Yang, 2015-2018.
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CalibrationControl_AxialCalibration.fig 6KB
CalibrationControl.m 19KB
BNS_SLM_RegisterBMP.m 275B
f_SLMActivation_PhasePattern.m 1KB
f_SLMActivation_Calibration.m 2KB
PatternSwitch.m 13KB
BNS_SLM_LoadImage.m 1KB
BNS_SLM_Initialize.m 3KB
CalibrationControl_LateralCalibration.fig 22KB
CFG.m 2KB
CalibrationControl.fig 27KB
CalibrationControl_TwoLaserMapping.m 60KB
CalibrationTest.m 35KB
MainControl.fig 18KB
CalibrationControl_LateralCalibration.m 34KB
Readme.txt 460B
CalibrationTest.fig 65KB
CalibrationControl_AxialCalibration.m 14KB
BNS_SLM_Close.m 1KB
CalibrationControl_LateralWeightCalibration.m 23KB
f_SLM_PhaseHologram.m 2KB
CalibrationControl_LateralWeightCalibration.fig 19KB
ETLControl.m 3KB
MainControl.m 43KB
PatternSwitch.fig 5KB
CalibrationControl_TwoLaserMapping.fig 26KB
PhotostimulationArtifactRemover
ConcatenateStack_ImageJMacro.txt 2KB
photostimulationArtifactRemover.m 6KB
Readme.txt 724B
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