TCGA数据下载及全流程分析（更新中）
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2021-01-20
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TCGA数据下载及全流程分析（更新中）数据下载及全流程分析（更新中）
一、一、GDCRNATools包下载包下载
首先下载R包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GDCRNATools")
下载好之后运行，以COAD数据为例，下载：
library("GDCRNATools")
gdcRNADownload(project.id = "TCGA-COADREAD",
data.type = "RNAseq",
write.manifest = FALSE,
method = "gdc-client")
参考资料：
1、GDCRNATools一个TCGA数据分析的全能选手
2、TCGA数据下载和整理工具----GDCRNATools
3、GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具（英文版）
4、bioconduct说明
5、TCGA数据下载网址：GDC
6、手把手教你用R语言下载TCGA数据库：GDCRNAtools（丁香园）
作者：Eric's blog
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