metagenomic

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metagenomic

: Metagenomic analysis and comparison of microbial community structure of aerobic activated sludge and... 宏基因组学分析与好氧活性污泥和厌氧消化污泥微生物群落结构的比较研究，涉及城市污水处理厂中起核心作用的好氧活性污泥和厌氧消化污泥的微生物种群结构分析。这项研究对于深入理解污水处理过程中微生物所起的作用至...
评级：0 浏览量：134 收藏量：0 资源大小：710KB 上传时间：2020-02-22

: Gene Prediction in metagenomic fragments with deep learning ### 基于深度学习的元基因组片段基因预测研究 #### 摘要与背景随着高通量测序技术在元基因组学领域的应用，科学家们能够获取到大量来自不同物种的短DNA/RNA片段（即读段）。这些读段提供了关于环境样本中的微生物...
评级：0 浏览量：55 收藏量：0 资源大小：1.2MB 上传时间：2021-02-11

: Assessment of quality control approaches for metagenomic data analysis 这篇文章的标题和描述均指向了一个核心主题，即对宏基因组数据质量控制方法的评估。文章发表于2014年，这表明其研究是在生命科学领域中对下一代测序（NGS）技术应用的早期阶段。在这一时期，NGS技术已开始广泛应用于...
评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：661KB 上传时间：2021-02-10

: Viral-genome-and-metagenomic-database:创建重叠群和基因组序列信息数据库 ##自述## 用于创建病毒和宏基因组数据库的软件程序/工具作者：Sanjeev Kulshreshtha ( ) 日期：08/15/2011 ##为什么选择这个程序？## 有必要在 JCVI 创建一个数据库，用于系统发育分析与 umbrealla APIS 整合所需...
评级：0 浏览量：87 收藏量：0 资源大小：14KB 上传时间：2021-06-21

: Metagenomic-benchmark:此站点中存储的代码包含必要的脚本，以在分类学谱系的八个基本级别上集成，标准化和... 元基因组基准在此站点上找到的代码包含必要的脚本，这些脚本可以集成，标准化和生成用于分类学分类和丰度估计的计数表，该谱表包含以下八个谱系等级：域，门，类别，顺序，科，属，物种和亚种。...
评级：0 浏览量：90 收藏量：0 资源大小：194.11MB 上传时间：2021-05-12

: metagenomics.pdf----宏基因组PPT metagenomics.pdf----宏基因组PPT
评级：0 浏览量：185 收藏量：0 资源大小：23.14MB 上传时间：2021-08-04

: 基于R的meta分析使用 MetaPhlAn 与HUMAnN 3.0 的 CRC 数据集.zip MetaPhlAn（Metagenomic Phylogenetic Analysis）是一种广泛使用的软件，专门用于肠道微生物群落的物种丰度估计。通过比对短读序列到已知的微生物标记基因集合，MetaPhlAn可以识别并量化样本中的微生物组成。在CRC...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：17.04MB 上传时间：2024-03-28

: 4多样性分析和可视化1 此外，工具如STAMP（Statistical Analysis of Metagenomic Profiles）可以专门用于比较不同条件下的微生物群落差异。 5. **生物标志鉴定**：生物标志物是区分不同环境状态或生物过程的关键物种。LEfSe（Linear ...
评级：0 浏览量：91 收藏量：0 资源大小：5.5MB 上传时间：2022-08-03

: Comparative_Mycoplasma:基因组解析的宏基因组学表明，支原体和鲑鱼宿主之间存在相互关系2 请找到在Metagenomic_pipeline.sh中使用的参数和模块的信息装箱和MAG策划组装宿主后，在Anvio中处理重叠群。后续工作流程在概述。简要地; anvi'o用于使用Prodigal / v2.6.338（具有默认参数来鉴定基因）和HMMER /...
评级：0 浏览量：82 收藏量：0 资源大小：5.01MB 上传时间：2021-05-04

: lmas_report LMAS报告 _ __ __ _ ___ /\︵︵/\ | | | \/ | /_\ / __| (◕('人')◕) | |__| |\/| |/ _ \\__ \ |︶| |____|_| |_/_/ \_\___/ Last Metagenomic Assembler Standing概述是一种自动化的工作流程，可使用定义的模拟...
评级：0 浏览量：44 收藏量：0 资源大小：4.12MB 上传时间：2021-03-18

: SIGMA:宏基因组分析中基因组的菌株水平鉴定-开源 SIGMA（Strain-level Identification and Genus-wide Metagenomic Analysis）就是为了应对这一挑战而开发的开源软件。它专为菌株水平的基因组识别和丰度估算设计，旨在提高宏基因组数据分析的精度和深度。宏基因组...
评级：0 浏览量：136 收藏量：0 资源大小：19.94MB 上传时间：2021-07-28

: 基因芯片技术在环境微生物分子生态学研究中的应用.pdf 主要有三种类型的基因芯片：系统寡核苷酸芯片(Phylogenetic Oligonucleotide Array, POA)、群落基因组芯片(community genome array, CGA)和宏基因组芯片(metagenomic array, MGA)。系统寡核苷酸芯片是目前应用最广的...
评级：0 浏览量：69 收藏量：0 资源大小：291KB 上传时间：2021-07-26

: MaxiPhi-开源例如，用户可以先使用Metagenomic组装工具（如SPAdes或MetaSPAdes）将原始测序数据组装成更大的基因组片段，再用MaxiPhi分析组装后的病毒群落，最后利用VFDB或PHANOTATE等数据库进行功能预测，从而深入理解环境病毒...
评级：0 浏览量：11 收藏量：0 资源大小：47KB 上传时间：2021-04-28

: DBH：一种基于de Bruijn图的启发式方法，用于将大型16S rRNA序列聚集成OTU 而“宏基因组”（Metagenomic）是研究微生物群落基因组内容的领域。文章中还提到了几个宏基因组研究项目，如MetaHIT项目和人类微生物组项目，这些项目通过大规模的高通量测序技术来理解微生物群落的结构和功能。 ...
评级：0 浏览量：83 收藏量：0 资源大小：2.56MB 上传时间：2021-04-14

: MicrobiomeInformaticsWebinarWeek3:OSU CoMS网络研讨会的第3周 7. **元组数据分析**：元组数据（metagenomic shotgun sequencing）能提供微生物基因功能信息。通过软件如HUMAnN2或MetaGeneAnnotator，可以解析功能途径和基因家族，从而理解微生物的功能潜力。 8. **环境因素的...
评级：0 浏览量：70 收藏量：0 资源大小：1KB 上传时间：2021-03-17

: rmeta:收集R功能进行日常工作 rmeta 这个软件包的想法是管理我日常工作中生成的简单功能安装该软件包仍在开发中，但可以使用安装。 devtools :: install_github( ' rusher321/rmeta ' ) 用法支持和错误报告请在上记录 ...
评级：0 浏览量：375 收藏量：0 资源大小：2.38MB 上传时间：2021-05-06

: HSS-Bin：基于混合序列特征识别和谱聚类的无监督元基因组合并方法 HSS-Bin方法已作为一个开源软件包提供，名称即为HSS-bin（Hybrid Sequence feature and Spectral clustering unsupervised metagenomic binning）。该工具包可在指定网站下载使用。开源软件包的发布使得HSS-Bin方法...
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：1.11MB 上传时间：2021-03-26

: mgkit：MGKit：元基因组学框架 MGKit：元基因组学框架该库的目的是提供一系列有用的模块和软件包，以使构建宏宏基因组学或任何种类的生物信息学分析的自定义管道变得更加容易。它在生物信息学中集成了其他知名的python库，例如，，和。...
评级：0 浏览量：132 收藏量：0 资源大小：11.07MB 上传时间：2021-02-08

: LTEE网络分析 conda激活ltee-metagenomix cd LTEE-metagenomic-repo python rohan-write-csv.py> ../results/LTEE-metagenome-mutations.csv要使用conda软件包管理器安装SNAP.py，请运行以下命令： conda安装-c snap-stanford ...
评级：0 浏览量：97 收藏量：0 资源大小：41KB 上传时间：2021-02-17

: MG-RAST:MG-RAST后端-API服务器 MG-RAST源代码这是MG-RAST元基因组分析系统的存储库。看一下。警告不要在家尝试这个。执照 MG-RAST可在BSD类型的LICENSE下使用，有关详细信息，请参阅LICENSE文件。请注意：MG-RAST团队致力于支持 ...
评级：0 浏览量：288 收藏量：0 资源大小：7.85MB 上传时间：2021-05-18

: partie：PARTIE是一个程序，用于将序列读取档案（SRA）宏基因组学数据划分为扩增子和shot弹枪数据集。... 派对 PARTIE是将序列读取档案（SRA）宏基因组学数据划分为扩增子和shot弹枪数据集的程序。用户提供的数据集注释不可信，因此PARTIE允许自动分离数据。 PARTIE对数据进行子采样，测量与序列相关的几个不同参数，并...
评级：0 浏览量：159 收藏量：0 资源大小：19.91MB 上传时间：2021-02-17

: mebs:查找信息性蛋白质家族，然后使用它们对卵样品进行评分的方案 = 3.6.2 python模块：麻木matplotlib 大熊猫海生的基本用法MEBS使用一些命令行选项，可以通过在命令行上键入mebs.pl -h来查看perl mebs.pl -h Program to compute MEBS for a set of genomic/metagenomic FASTA ...
评级：0 浏览量：50 收藏量：0 资源大小：22.11MB 上传时间：2021-05-04

: MetaCRAST：MetaCRAST：在元基因组中以参考为导向的CRISPR检测 **MetaCRAST：元基因组中的参考导向型CRISPR检测** MetaCRAST（MetaCRISPR Analysis STack）是一种生物信息学工具，专为元基因组数据中的CRISPR（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）系统...
评级：0 浏览量：68 收藏量：0 资源大小：21.66MB 上传时间：2021-02-05

: Machine Learning for Microbial Phenotype Prediction generic methodology for microbial phenotype prediction based on supervised machine learning, several models for biological and ecological traits of high relevance, and the deployment in metagenomic ...
评级：0 浏览量：106 收藏量：0 资源大小：3.54MB 上传时间：2018-02-06

: eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能.zip eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能概述eggnog映射器是一种工具，用于快速地对新序列的函数进行注释，...transcriptomes甚至metagenomic基因目录的注释。传统同源搜索相比，使用orthology预测功能
评级：0 浏览量：257 收藏量：0 资源大小：36.9MB 上传时间：2019-09-18

: flextaxd:FlexTaxD（灵活分类法数据库）-创建，添加，合并不同的分类法源（QIIME，GTDB，NCBI等）并创建宏... 灵活的分类法数据库（FlexTaxD）灵活的分类法数据库-用于自定义和合并各种分类法分类源的跨平台工具。 FlexTaxD的新手？ ->查看 v0.2.0以后的版本中支持的源： QIIME（GTDB）全国工商联 CanSNPer ...
评级：0 浏览量：304 收藏量：0 资源大小：141KB 上传时间：2021-05-20

: idseq-web：传染病测序平台 · 传染病测序平台 IDseq是一个无假设的全球软件平台，可帮助科学家识别宏基因组测序数据中的病原体。发现-确定病原体状况检测-监视和审查潜在爆发解密-在大型数据集中查找潜在的感染生物和合作开放项目。...
评级：0 浏览量：277 收藏量：0 资源大小：3.19MB 上传时间：2021-02-18

: pipeline-v5:该存储库包含MGnify管道版本5.0的所有CWL描述流水线-v5 该存储库包含MGnify管道版本5.0的所有CWL描述。下载必要的数据库 # ---------------- common files: mkdir ref-dbs && cd ref-dbs && # download silva dbs mkdir silva_ssu silva_lsu ...
评级：0 浏览量：120 收藏量：0 资源大小：194.71MB 上传时间：2021-05-12

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