多序列比对

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多序列比对

: 【多序列比对】应用动态规划、A*算法、遗传算法分别解决MSA问题在IT领域，多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）是生物信息学中的一个重要问题，它涉及到将多个生物序列，如DNA、RNA或蛋白质序列，进行排列和比较，以揭示它们之间的同源性和进化关系。本项目针对这一...
评级：0 浏览量：466 收藏量：1 资源大小：24KB 上传时间：2022-02-25

: 多序列比对 应用lastz等工具进行多序列比对，可以看看哦
评级：0 浏览量：384 收藏量：1 资源大小：1.31MB 上传时间：2013-10-14

: HAlign:多序列比对工具首页： : 参考文献：万世祥和邹权，HAlign-II：高效超大多序列比对和系统发育树重建，分布式并行计算，分子生物学算法，2017，12:25。其他实现： MPI： : CUDA： : 开发环境 JDK 1.8 Hadoop 2.7.2 火花 ...
评级：0 浏览量：285 收藏量：1 资源大小：2.42MB 上传时间：2021-07-24

: 基于多策略人工蜂群的多序列比对算法 多序列比对是生物信息学中最重要和挑战性的任务之一. 针对多序列比对是NP 完全组合优化问题, 引.入Tent 混沌初始化种群策略、不同蜂种的邻域搜索策略和锦标赛选择策略等, 提出了一种基于多策略人工蜂群.的多序列比对...
评级：0 浏览量：169 收藏量：0 资源大小：365KB 上传时间：2021-03-23

: 多序列比对 clustal X1.81 多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）是生物信息学中的核心方法，它主要用于比较和分析多个生物序列，如DNA、RNA或蛋白质序列，以揭示它们之间的相似性和进化关系。Clustal X1.81是其中一种广泛应用的多...
评级：0 浏览量：708 收藏量：0 资源大小：795KB 上传时间：2014-09-21

: 论文研究-基于量子粒子群优化和隐马尔可夫模型的多序列比对算法.pdf 针对用BaumWelch算法训练隐马尔可夫模型用于序列比对算法的搜索空间有限性容易陷入局部最优点的缺陷，提出一种用量子粒子群优化算法训练隐马尔可夫模型的生物多序列比对新方法。该方法克服了BaumWelch算法在收敛...
评级：0 浏览量：231 收藏量：0 资源大小：315KB 上传时间：2019-07-22

: rnalign2d：使用MUSCLE和二级结构数据执行RNA的多序列比对的Python工具 RNAlign2D是一种Python包装器，它允许使用有关二级结构和序列的信息来比对多个RNA分子。为此，使用了MUSCLE程序，但可以对其进行调整以使用任何其他多序列比对工具。该工具首先去除常见的RNA修饰，然后将RNA序列...
评级：0 浏览量：204 收藏量：1 资源大小：114KB 上传时间：2021-02-18

: genedoc(多重序列比对编辑器).rar 《genedoc——多功能序列比对编辑器深度解析》在分子生物学的研究中，多重序列比对是一项至关重要的任务，它能帮助科学家们揭示不同生物物种间的遗传相似性，理解基因功能，推断进化关系。genedoc作为一款专业的...
评级：0 浏览量：1448 收藏量：0 资源大小：2.5MB 上传时间：2021-04-27

: 基于模拟退火和星形比对的共有序列搜索的多序列比对算法星形比对通过对共有序列进行操作，将所有序列与这个共有序列进行比对，进而达到快速比对多个序列的目的。星形比对算法是将多序列比对问题转化为多对一的比对问题，降低算法复杂度，提高比对的效率和速度。在生物...
评级：0 浏览量：126 收藏量：1 资源大小：392KB 上传时间：2021-03-07

: 生物序列比对 生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发, 分析序列中表达结构和功能的生物信息。...生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论意义和实践意义。
评级：0 浏览量：660 收藏量：0 资源大小：3.45MB 上传时间：2018-04-26

: 多序列比对问题的粒子群优化算法求解.pdf 在生物信息学领域，序列比对是一个基础而关键的操作，它涉及将两个或多个生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）进行对比分析，以确定它们之间的相似性或差异。序列比对的核心目的是为了发现序列间的功能、结构和进化...
评级：0 浏览量：49 收藏量：0 资源大小：199KB 上传时间：2021-09-29

: 基于GPU的遗传退火多序列比对并行研究.pdf 《基于GPU的遗传退火多序列比对并行研究》这篇论文主要探讨了如何利用GPU（图形处理器）的并行计算能力来优化遗传退火多序列比对算法，以解决因大量计算导致的效率问题。多序列比对（MSA）是生物信息学中的一个重要...
评级：0 浏览量：46 收藏量：0 资源大小：2.02MB 上传时间：2021-09-25

: 论文研究-隐马尔可夫模型的多序列比对研究.pdf 针对孤立的残留指纹往往具有清晰的纹路而不易被分割的问题，提出一种质量评估在残留指纹分割中的应用算法。该算法首先选取指纹图像的有效面积、干湿程度、位置偏移量作为评价因子，然后综合考虑各种评价因子求取总的...
评级：0 浏览量：179 收藏量：0 资源大小：891KB 上传时间：2019-09-11

: alignmentbd:已实现的DNA序列比对算法的集合，包括最佳全局比对，带状全局比对和用于多序列比对的近似算法 DNA序列比对是生物信息学中的核心问题，它涉及到基因组分析、进化研究、疾病诊断等多个领域。本文将详细探讨一个名为“alignmentbd”的C++实现项目，该项目包含了多种DNA序列比对算法，包括最佳全局比对、带状全局...
评级：0 浏览量：116 收藏量：0 资源大小：151KB 上传时间：2021-04-30

: clusalw 多序列比对工具 **clusalw 多序列比对工具** clusalw 是一款经典的多序列比对软件，广泛应用于生物信息学领域，特别是在蛋白质和核酸序列分析中。它由欧洲分子生物学实验室（EMBL）的 Thierry Lecompte 和 Notredame 大学的 Darren...
评级：0 浏览量：1072 收藏量：1 资源大小：318KB 上传时间：2013-03-25

: clustalx 核酸序列比对程序这是多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择...
评级：0 浏览量：714 收藏量：0 资源大小：4.34MB 上传时间：2020-08-18

: js DNA动态序列比对代码动态序列比对是一种生物信息学中的重要算法，用于比较两个生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）的相似性。这种比对可以帮助科学家们识别基因、寻找进化关系以及理解基因功能。JavaScript是一种广泛使用的编程语言，它...
评级：0 浏览量：215 收藏量：1 资源大小：29KB 上传时间：2020-10-29

: 基于GC-GM的多序列比对穷举遗传算法 (2010年) 多序列比对问题是生物信息学中尚未解决的一个NP完全的组合优化问题。通过对重新组装的空位矩阵进行遗传操作来实现最优比对，设计了一个新型的基于GC-GM的多序列比对穷举遗传算法。从BAliBASE比对数据库中选取了一些...
评级：0 浏览量：102 收藏量：0 资源大小：329KB 上传时间：2021-05-13

: msa_classifier:多序列比对（MSA）分类器 多序列比对（MSA）分类器背景通过在断点区域中比对序列并寻找变体“外部”和“内部”之间的过渡，可以使用多重序列比对（MSA）来解析结构变体的断点。 MSA分类器通过按列中行的相对相似度对给定MSA中的每一列进行...
评级：0 浏览量：192 收藏量：0 资源大小：14KB 上传时间：2021-05-15

: 基于量子粒子群优化和隐马尔可夫模型的多序列比对算法. ### 基于量子粒子群优化和隐马尔可夫模型的多序列比对算法解析 #### 引言与背景 多序列比对是生物信息学中的关键领域，旨在通过对比两条或更多可能存在进化关系的生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列），以识别其在...
评级：0 浏览量：128 收藏量：0 资源大小：253KB 上传时间：2013-05-31

: clustal多序列比对汉化版《clustal多序列比对汉化版：深入解析与应用》在生物信息学领域，多序列比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）是一项基础且至关重要的任务，它能够帮助科学家们揭示不同生物序列之间的相似性和差异性，进而...
评级：5 浏览量：956 收藏量：1 资源大小：439KB 上传时间：2009-10-06

: 带变异算子粒子群算法在多序列比对中的应用.pdf 【摘要】介绍了一种新的多序列比对优化算法——带变异算子的粒子群多序列比对算法。该算法在对比分析现有多种多序列比对算法的基础上，通过引入变异算子来增强粒子群算法跳出局部收敛的能力，从而提高了基于粒子群...
评级：0 浏览量：46 收藏量：0 资源大小：239KB 上传时间：2021-09-29

: museqa：使用混合并行计算的多序列比对器穆塞卡 Museqa，发音为moo-zee-kah ，是用于混合并行计算环境的多序列比对器。动机在生物信息学中，多种生物序列的整体比对至关重要。这使生物学家能够了解许多不同物种之间的进化关系。但是，对该问题的最佳解决...
评级：0 浏览量：72 收藏量：0 资源大小：1.13MB 上传时间：2021-02-10

: HGA-COFFEE：多序列比对问题的混合遗传算法求解 (2005年) ### HGA-COFFEE：多序列比对问题的混合遗传算法求解 #### 研究背景及目的在生物信息学领域，多序列比对问题是研究分子进化、蛋白质结构预测以及功能分析的基础之一。然而，随着测序技术的发展，序列数据量急剧...
评级：0 浏览量：93 收藏量：0 资源大小：681KB 上传时间：2021-04-21

: ai-msa:用于 DNA 匹配的多序列比对 多序列比对尽可能接近地映射不同的字符串。一项主要应用是 DNA 匹配描述词汇表 V 中有 K 个字符串 Xi。每个字符串 Xi 的长度为 Ni。目标是将字符串相互映射。转换是一个函数 F，它接受一个字符串并返回另一个字符...
评级：0 浏览量：102 收藏量：0 资源大小：625KB 上传时间：2021-06-13

: BioXM 2.6 序列比对 BioXM 2.6是一款专为生物信息学领域设计的高级软件，主要用于序列比对和多基因序列分析。在生命科学研究中，序列比对是一项基础且至关重要的任务，它涉及DNA、RNA或蛋白质序列的比较，以揭示生物体间的遗传相似性、...
评级：4 浏览量：574 收藏量：2 资源大小：3.52MB 上传时间：2014-10-20

: 生物信息多序列比对clustal 【生物信息多序列比对Clustal】是一个关于生物序列分析的重要主题，主要涉及多序列比对的意义、方法以及ClustalX工具的使用。多序列比对在生物学研究中起到关键作用，它能帮助科学家们揭示基因家族的特征、寻找保守...
评级：0 浏览量：530 收藏量：1 资源大小：917KB 上传时间：2010-12-21

: EDNA:结合位点的基于能量的多序列比对（MSA）-开源 EDNA，全称为“Energy-based Multiple Sequence Alignment for Transcription Factor Binding Sites”，是一种创新的多序列比对（MSA）方法，特别针对转录因子结合位点。它采用了一种新颖的策略，即双核苷酸依赖性，...
评级：0 浏览量：99 收藏量：0 资源大小：847KB 上传时间：2021-04-29

: 大数据-算法-模拟退火遗传算法在生物多序列比对中的应用研究.pdf 在生物信息学领域，序列比对是至关重要的研究主题，特别是在多序列比对方面，它涉及到寻找一组生物序列之间的最佳对应关系，以便揭示它们的进化联系、结构相似性和功能关系。传统的多序列比对方法，如全局比对和局部...
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：1.99MB 上传时间：2022-04-15

: 生物信息序列比对算法生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发, 分析序列中表达结构和功能的生物信息。...生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论意义和实践意义。
评级：0 浏览量：912 收藏量：2 资源大小：1.97MB 上传时间：2018-04-27

: 详解基于python的全局与局部序列比对的实现(DNA) 在生物信息学中，序列比对是分析DNA、RNA或蛋白质序列的重要方法，它用于寻找序列之间的相似性和差异性。本篇文章将详细讲解如何使用Python实现全局与局部序列比对，特别是针对DNA序列的比对。首先，我们要明确...
评级：0 浏览量：1735 收藏量：1 资源大小：475KB 上传时间：2020-12-16

: 网络游戏-一种基于GPU多序列比对算法的社交网络关联搜索方法.zip 标题中的“网络游戏-一种基于GPU多序列比对算法的社交网络关联搜索方法”指的是在网络游戏环境中，通过利用图形处理器（GPU）的并行计算能力，实现了一种针对社交网络数据的高效关联搜索方法。这种技术结合了生物...
评级：0 浏览量：38 收藏量：0 资源大小：589KB 上传时间：2021-09-20

: 遗传算法模拟生物多序列比对之交叉算子优化为优化生物多序列比对问题,降低计算难度,提高计算效率,采用遗传算法模拟多序列比对,构造了四种简单的交叉算子及三种后处理方式,分析交叉算子和交叉后处理方式对多序列比对结果的影响。通过实验比较,结果表明多行横向...
评级：0 浏览量：148 收藏量：0 资源大小：1.73MB 上传时间：2020-04-27

: 带变异算子粒子群算法在多序列比对中的应用 (2008年) 在对已有的多序列比对算法进行对比分析的基础上，提出了一种新的多序列比对优化算法一带变异算子粒子群多序列比对算法。带变异算子的粒子群算法提高了原有算法跳出局部收敛的能力，将其应用于多序列比对问题中，提高...
评级：0 浏览量：84 收藏量：0 资源大小：344KB 上传时间：2021-05-22

: 遗传算法模拟生物多序列比对之初始化的改进针对应用遗传算法求解生物多序列比对问题的初始化进行了改进.初始种群是遗传算法构造的一个关键部分,本文根据多序列比对的生物特性,在初始种群中的个体中插入连续空位,优化初始种群的个体质量;并在初始种群中加入...
评级：0 浏览量：184 收藏量：2 资源大小：287KB 上传时间：2020-04-24

: lastz:DNA序列比对程序，成对比对器 LASTZ-成对DNA序列比对器该存储库包含LASTZ的最新官方工作分支。正式发行带有标签，可以在找到。鼓励用户使用带标签的发行版，因为此工作分支可能不稳定。在撰写本文时，最新的正式版本是1.04.03版。可以在 ...
评级：0 浏览量：1731 收藏量：0 资源大小：5.21MB 上传时间：2021-05-06

: AlignMerger:合并两个大型多序列比对的工具-开源 AlignMerger可用于合并两组多序列比对（MSA）。与其他常用的MSA工具相比，它可以大大减少构建MSA所需的计算时间。该工具所需的输入是两个FASTA格式的MSA，该工具的输出是FASTA格式的合并MSA。
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：6.51MB 上传时间：2021-05-27

: flex:使用多个序列比对工具的共识序列管道 [m5 mapping output from blasr] [start index] [end index] [output file name]示例： python3 find_mapped_reads.py reads.fa mapping.m5 100 5100 reads_100_5100.fa flex.py 从多序列比对输出创建一致序列。...
评级：0 浏览量：124 收藏量：0 资源大小：4KB 上传时间：2021-07-07

: lexicon-mono-seq：基于DOM文本的多序列比对库标题布局Lexicon-Mono-Seq，基于DOM文本的异步MSA查看器发布词汇单音序列 LexiconMonoSeq是使用等宽字体的多序列比对查看器（）。您也可以使用此工具显示任意数量的字符串。该库异步呈现DOM Text。免责声明在为...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：44.42MB 上传时间：2021-02-05

: sequencher DNA序列比对分析软件此外，它还可以进行多序列比对，展示序列一致性，帮助研究人员快速识别共有的和独特的序列特征。 3. **酶切位点查找**：在分子生物学实验中，限制性内切酶的使用非常常见。Sequencher能自动识别并标注DNA序列上的...
评级：4 浏览量：1172 收藏量：5 资源大小：14.86MB 上传时间：2014-06-28

: 基于迭代渐进多序列比对算法研究 (2005年) 提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。采用公共多序列比对数据库BAliBASE中142组蛋白质序列作为比对测试数据，并与ClustalW进行比较。比对结果的统计分析表明，IPMSA算法的比对准确率高于ClustalW。
评级：0 浏览量：119 收藏量：0 资源大小：282KB 上传时间：2021-05-26

: AKtoolbox:Matlab工具箱，用于多序列比对的协同进化分析-开源 AK工具箱是一个Matlab工具箱，用于根据简化的BSD许可证分发的蛋白质多序列比对（MSA）的协同进化分析。 AK工具箱的目的是提供一组Matlab函数，这些函数独立于Matlab生物信息工具箱，用于MSA的协同进化分析。目前，...
评级：0 浏览量：12050 收藏量：5 资源大小：264KB 上传时间：2021-04-29

: GenNon-h:模拟非均质的多序列比对-开源 GenNon-H是第一个设计用于在系统树上的离散时间马尔可夫过程下生成多个序列比对的软件包，该序列直接从过渡矩阵采样。基于输入模型和Newick格式的系统发育树（测得的分支长度为每个位点的预期取代数），该算法可...
评级：0 浏览量：106 收藏量：0 资源大小：5.4MB 上传时间：2021-04-29

: 双序列比对的基础（2）之替换（计分）矩阵系列双序列比对的基础（2）之替换（计分）矩阵系列主要以BLOSUM矩阵与PAM矩阵的介绍为主。声明：该部分书中内容介绍有点少，所以我上网搜索到几篇文献和和国外大学的相关课件（从一个研究生博主处获得）。那本篇...
评级：0 浏览量：544 收藏量：0 资源大小：106KB 上传时间：2021-01-07

: CONSENT:可扩展的长读自校正和多序列比对的装配抛光 CONSENT（可扩展的长读自校正和具有多个序列比对的装配抛光）是一种用于长读的自校正方法。首先，它通过计算长读段之间的重叠来工作，以便为每个读段定义对齐堆（即，用于校正的一组重叠读段）。然后，将每个读取...
评级：0 浏览量：75 收藏量：0 资源大小：15.35MB 上传时间：2021-05-08

: BioAlignments.jl:序列比对工具 BioAlignments.jl提供了序列比对算法和数据结构。安装您可以在从Julia REPL安装BioAlignments.jl ： pkg> add BioAlignments 如果您对开发的前沿感兴趣，请在发布前检查以尝试新功能。测验已在Linux，OS X和...
评级：0 浏览量：111 收藏量：0 资源大小：77KB 上传时间：2021-05-06

: 由于其序列比对显示的结果非常清楚，很多文献中的序列比对结果正是通过DNAMAN来呈现的。 DNAman是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。DNAMAN的速度，多...
评级：0 浏览量：255 收藏量：1 资源大小：2.75MB 上传时间：2022-05-04

: 序列比对软件 序列比对是生物信息学中的一个关键步骤，用于比较和分析DNA、RNA或蛋白质序列，以揭示遗传相似性、进化关系或功能区域。在这种背景下，"序列比对软件"是专门设计来执行这一任务的工具，它们可以帮助研究人员高效地...
评级：5 浏览量：448 收藏量：0 资源大小：1.69MB 上传时间：2014-08-19

: alignment:用于执行（多个）序列比对的简单Python库（多个）序列比对 例子 from alignment import multi_sequence_alignment sequences = [ 'the quick fox jumps over the dog' . split (), 'the brown fox jumps over the lazy dog' . split (), 'the clever fox...
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