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CCLE数据库使用教程.pptx
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2023-10-08
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数据库使用教程
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CCLE数据库概览
CCLE数据库简介
4 数据库应用实例
为了深入并准确地刻画癌细胞系的遗传特征,来自美国Broad研究所、 Dana-Farber癌症研究所和Novartis生物医学研究所的多个课题组
于2012年合作完成了 "癌症细胞系百科全书"计划
该计划对三十多种组织来源的947种人类癌细胞系进行了大规模深度测序,整合了DNA突变、基因表达和染色体拷贝数等遗传信息
CCLE对上千种癌细胞系的多组学图谱深度解析、对海量数据的开放共享、与外延的多类数据库的联合分析,为癌症基因组学和癌症精准
治疗的发展做出了巨大贡献,是生物医学领域内不可多得的宝贵资源
2019年5月 9日的 《自然》 发布了癌症细胞系的新一代百科全书,在以往的分子数据的基础上,又全面更新了1000多个细胞系的遗传突变、
RNA剪接DNA甲基化、组蛋白修饰、 microRNA表达和蛋白质表达的数据
CCLE与癌症基因组图谱 (TCGA) 高度互补,为研究癌症机制和精准医学的实施又添一个利器
全称
cancercellLine Encyclopedia,癌症细胞系百科全书
背景介绍
CCLE数据库特色功能
基因表达数据能可视化为条形图等或与散点图中的其他数据进行比较
每个基因都有多个数据标识符和数据集。网站中展示了采用的五种不同的基因表
达水平检测方法,包括:
拷贝数 (COPYNumber)
mRNA表达 (Afy) :数据来源于芯片检测
RPPA (Reverse phaseproteinarrays, 反相蛋白阵列) :通过特异性抗体对凝胶电泳处理
过的细胞或者生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在
所分析的细胞或组织中表达情况的信息
RRBS (Reduced representationbisulfitesequencing,限制性内切酶-重亚硫酸盐靶向测
序) :一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切富集启动子及CPG岛区域,
并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率
mRNA表达 (RNAseq)
基因甲基化可以通过气泡图的形式,在不同细胞系中进行可视化分析
单个细胞系的突变数据可进行在线查看和数据下载
用途
分析基因在细胞系中的表达情况、 突变、拷贝数、 甲基化
等信息
简易制作各种类型的结果图
提供了系统性研究癌细胞系的平台,可以帮助开发抗癌药物
网址
https://portals.broadinstitute.org/ccle
更新
网站不定期更新,最近一次更新时间为2020年
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资源评论
- Pxsyy_wuzhe2023-12-04这个资源内容超赞,对我来说很有价值,很实用,感谢大佬分享~
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