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GSEA软件使用教程.pdf
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数据库使用教程
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• 表型信息文件。
➢ 芯片数据额外需要 格式的芯片探针与基因名的注释文件。
01
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全称
• Molecular signatures database 分子标签数据库
特点
• 专门为GSEA富集分析提供数据集
• 涵盖了多样和广泛的基因集来源和类型,包括从原始文献中提取的基因标签,以及GO,KEGG,
TRANSFAC和L2L等网站的基因集。
• 通过人工收集和模型计算获得基因集,其他数据库仅搜集这些方法的一种
• 包含数据集最多
组成
• 官网提供了8个主要的数据集,包括hallmark gene sets、positional gene sets、curated gene
sets、motif gene sets、computational gene sets、GO gene sets、oncogenic signatures和
immunologic signatures
分析工具
• 官网提供了适用于全平台的GSEA可视化分析软件
更新
• 数据集和富集软件更新频繁,最近一次更新时间March 2020,MSigDB 数据最新版本v7.1
引用
• To cite your use of the Molecular Signatures Database (MSigDB), please reference
Subramanian, Tamayo, et al. (2005, PNAS 102, 15545-15550) and one or more of the
following as appropriate: Liberzon, et al. (2011, Bionformatics), Liberzon, et al. (2015, Cell
Systems), and also the source for the gene set as listed on the gene set page.
Summary statistics for MSigDB
来源:
software.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/inde
x.php/MSigDB_Statistics
02
◼
1. H collection: Hallmark gene sets
• 作为MSigDB数据库和GSEA分析的起始数据集,Hallmark数据集搜集整理了特定分类的生物状态或过程,汇集了来自MSigDB v4.0数据集中C1到C6的经过整理筛选的
4000多个基因;是由多个已知基因集构成的超基因集。
2. C1 collection: Positional gene sets
• 该基因集注释来自于ENSEMBL BioMart (version 97) 的染色体和核型,反映了基因原始组装时的基因结构,小数被忽略掉。如 5q31.1和5q31.2、5q.31.3都代表5q31。
该基因集有助于鉴定染色体缺失或扩增、计量补偿、表观遗传及与区域相关的效应。
3. C2 collection:Curated gene sets
• 该基因集来源于多种在线的通路资源,生物医药文献和各领域专家的贡献。C2数据集包括两个子集:Chemical and genetic perturbations (CGP)和Canonical
pathways (CP)
➢ C2 子集CGP:基因集代表遗传和化学表达变化的标签。大多数CGP内容来自生物医药文献。过去的几十年里,芯片研究确定了多种重要生物和临床状态,包括癌症转移,
干细胞分类,耐药性。从芯片分析的文章附件中提取差异表达的基因集,这些基因集内容一般成对出现:用xxx_UP和xxx_DN的形式来命名基因集条目。CGP基因集的内
容主要来源于PubMed文献,原始数据一般公布在GEO或ArrayExpress。基因的命名和描述,与NCBI Entrez Gene数据库和NCBI PubChem Compound数据库一致。
• 华盛顿大学发表的芯片基因表达L2L数据库:
Newman JC, Weiner AM.
L2L: a simple tool for discovering the hidden significance in microarray expression
data. Genome Biol. 2005;6(9):R81. See also http://depts.washington.edu/l2l.
• 约翰霍普金斯大学药学院的MYC靶标基因数据库:
Zeller KI, Jegga AG, Aronow BJ, O'Donnell KA, Dang CV.
An integrated database of genes responsive to
the Myc oncogenic transcription factor: identification of direct genomic targets. Genome Biol. 2003;4(10):R69
03
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资源评论
- Crazy_little_K2024-01-12资源和描述一致,质量不错,解决了我的问题,感谢资源主。
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