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enrichment_playground:学习基础浓缩分析的项目
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2021-04-08
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娱乐场 学习基础浓缩分析的项目 GSEA实施 我想在Polyaxon中运行分析(这样可以更快),所以我需要为较旧的R版本3.6准备数据。 这意味着我不能使用tmod包。 因此,用于GSEA算法的数据位于polyaxon.RData -tmod对象中,该数据已转换为数据帧。 取而代之的是中source/gsea.R时, source/gsea_polyaxon.R应该被使用。 运行用于获取结果的代码可在job.R 。
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enrichment_playground-main.zip (39个子文件)
enrichment_playground-main
job.R 656B
enrichment_playground.Rproj 205B
data
plots.RData 252KB
results_gsea.mat 62KB
polyaxon.RData 21.71MB
results.RData 220KB
data_lung_cancer.RData 21.85MB
gsva_check_with_results.RData 22.1MB
tests
testthat.R 2KB
LICENSE 11KB
packrat
packrat.opts 397B
packrat.lock 17KB
init.R 8KB
enrichment_analysis.html 8.31MB
.gitignore 80B
enrichment_analysis.Rmd 16KB
README.md 537B
presentation_data.R 6KB
source
visualization.R 2KB
matlab_migration.R 591B
gsea_polyaxon.R 2KB
cerno.R 4KB
expression_testing.R 2KB
gsva.R 3KB
ranks.R 501B
plage.R 702B
ora.R 1KB
gsea.R 2KB
.Rprofile 115B
presentation
plots
correlation.png 9KB
single_cerno
cerno_allpathways.png 231KB
cerno_plog.PNG 329KB
cerno_significant.png 153KB
single_in_use
Focal_adhesion.png 1.12MB
Rap1_signaling_pathway.png 1.12MB
Pathways_in_cancer.png 1.12MB
Proteoglycans_in_cancer.png 1.12MB
Vascular_smooth_muscle_contraction.png 1.12MB
main.R 2KB
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龙窑溪
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