NetworkAnalyst数据库使用教程.pdf

NetworkAnalyst是一个在线数据库工具，专门用于基因表达谱数据的综合可视化分析。它结合了最新的统计方法和创新的可视化系统，使用户能够一站式地进行多种分析，包括基因表达分析、荟萃分析、功能分析和网络可视化。这个工具支持的数据大小不超过50MB，基因数量不超过2万个，样本数量不超过300个，如果使用DESeq2方法进行差异分析，则样本数量限制在50个以内。 在文献引用方面，当使用NetworkAnalyst进行研究并发表论文时，必须正确引用相关的文献，这些文献的PMID包括30931480、25950236、24861621、24078684和23766290，以及所用数据源的文献。 未注册用户也可以使用NetworkAnalyst，但所有文件会在72小时后自动删除，因此分析结果需要立即下载。注册账户后，用户可以保存最多10个项目的状态，这些项目在10个月内都能被重新加载，以恢复之前的分析进度。 在功能上，NetworkAnalyst提供了一系列模块。用户可以通过导航栏中的“单一基因表达列表”、“多个基因表达数据”、“基因或蛋白列表”、“RNA测序文件”和“网络文件”来上传不同类型的文件进行分析。其中，差异分析是核心功能之一，它可以帮助用户识别在不同条件下表达有显著差异的基因。这个过程通常包括上传数据、质检、归一化、差异分析和结果可视化，如热图和火山图。 数据上传要求是关键步骤，对于单分组数据，需要整理成Excel表格，然后转换为制表符分隔的文本文件（.txt）。文件应包含样本名称、分组名称和基因名称及其表达量。对于多分组数据，需要为每个分组提供单独的列。 此外，NetworkAnalyst还提供了功能富集分析、互作网络分析和多个数据集的荟萃分析。功能富集分析能够揭示差异基因在生物学通路和功能上的显著性。互作网络分析则帮助用户理解基因间的相互作用。而通过荟萃分析，可以整合多个数据集的信息，增强结果的稳健性和可靠性。 NetworkAnalyst是一个强大的基因表达数据分析平台，它简化了复杂的数据处理过程，为科研人员提供了便利的在线工具，以支持他们在生物医学研究中的探索。