通过开发基于能量的评分函数、基于几何和能量评分对配体-RNA 对具有灵活配
体构象的所有可能结合位 点进行了详尽 的采样。 该模型 在三个 显着特征上区别
于其他方法。首先,对于给定的配体-RNA 对,该模型能够详尽扫描所有可能的
结合位点 ,包括多 个替代 或共存 的结合 位点。其 次,该 模型基 于此处 开发的新
的基于能 量的评分 函数。 第三, 该模型 采用了一 种新颖 的多步 筛选算 法来提高
计算效率 。具体来 说,首 先,对 于每个 结合位点 ,我们 使用基 于网格 的能量图
根据不同配体姿势的最小 Lennard-Jones 势能对结合位点进行排序。其次,对于
给定的选 定结合位 点,我 们使用 两步算 法预测配 体姿势 。在第 一步中 ,我们使
用粗粒度 的简化能 量函数 快速识 别可能 的配体姿 势。在 第二步 中,对 于每个可
能的配体姿势,我们使用改进的能量函数预测配体姿势。RLDOCK 对一组 230
个 RNA 配体结合结构的测试表明,RLDOCK 可以成功预测 27.8、58.3 和 69.6%
的所有测试用例的配体姿势,均方根偏差在 1.0、2.0、和 3.0 Å,分别用于前三
个预测的 对接姿势 。这里 提出的 计算方 法可以开 发一种 新的、 更全面 的框架,
用于预测配体-RNA 与 RNA 构象和金属离子效应集合的结合。
1.RLDOCK 性能 评估
如下表所示,RLDOCK 在对接成功率上明显优于 LigandRNA,Drugscore,DOCK6
等对接工具