基于RNA⁃seq技术对大骨鸡垂体及下丘脑组织的SNPInDel分析.docx资源-CSDN文库

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摘要

下丘脑和垂体调节母鸡的生殖生理和产蛋性能。为了解其产卵调控机制，利用 RNA⁃seq 技术对高

产和低产庄河大骨鸡的下丘脑和垂体组织进行测序和分析，获得 SNP/InDel 位点，并进行数据统

计及生物信息学分析，以鸡基因组作为参考，对 SNP 所在基因进行 GO 富集分析。结果显示：

SNP/InDel 纯合子变异体数量高于杂合子变异体数量，垂体组织中的 SNP/InDel 数量高于下丘脑

组织；SNP 类型转换种类少于颠换，但转换类型的数量却远远高于颠换；垂体组织中的 SNP 所在

基因的 GO 富集程度与生产性能呈负相关关系（P<0.05），下丘脑组织中的 SNP 所在基因的 GO

富集程度与生产性能呈正相关关系（P<0.05）。研究结果为大骨鸡的选育以及改善其生产性能的

研究提供了理论依据。

Abstract

The reproductive physiology and laying performance of laying hens are regulated by

the hypothalamus and pituitary. To understand the mechanism of egg laying

regulation， we sequenced and analysed the hypothalamus and pituitary tissues in

high⁃ and low⁃yielding laying Chinese Dagu chickens （CDC） using RNA⁃seq， and

got the SNP/InDel sites， then conducted data statistics and bioinformatics analysis

using the chicken genome as a reference to analyze the genes of SNP. The result

showed that the number of SNP/InDel homozygous variants was higher than that of

heterozygous variants， and the number of SNP/InDel in pituitary tissues was

higher than that in hypothalamus tissues； the SNP conversion type was less than

transversion， but the number was inverse； the GO enrichment degree of SNP

gene in pituitary tissues was negatively correlated with its production performance

（P<0.05）， but the GO enrichment degree of SNP gene in hypothalamus was

positively correlated with the production performance（P<0.05）. The results

provide a theoretical basis for breeding Dagu chickens， and improve their

production performance.

译

关键词

大骨鸡; 转录组测序技术; 单核苷酸多态性; 插入缺失标记; 基因本体富集

Keywords

Dagu chicken; RNA sequencing（RNA⁃seq）; single nucleotide polymorphism

（SNP）; insertion⁃deletion（InDel）; gene ontology enrichment

译

0 引言

家禽饲养业在中国养殖业中占据着不可或缺的位置，与牛羊等家畜相比，鸡饲养的自动化程度高、

饲料转化率也非常高

［ 1］

，因此，鸡渐渐成为世界各地消费者普遍接受的优质动物。庄河大骨鸡属

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