Fortran并行数值计算软件Docker开发环境

# nesDockerfile 这个代码库旨在帮助工程师们快速构建多平台MPI与opneMP的混合并行仿真软件开发环境。当然，你只用MPI也没问题的啦。请根据需要选择相应docker镜像。 ## 链接 * 源代码库：[nesDockerfile](https://github.com/nescirem/nesDockerfile) * Docker Hub：https://hub.docker.com/r/nescirem/fortran_mpi_omp ## 安装并测试 1. 首先，你需要在你的电脑上安装Docker并开启虚拟化。 你可以参考这位童鞋的Docker安装教程：https://yeasy.gitbooks.io/docker_practice/install/ 常见问题请百度："Windows开启虚拟化"、"虚拟化已开启，但docker无法运行"、"Docker windows volume“ 2. 下载本镜像 ```bash docker pull nescirem/fortran_mpi_omp:latest ``` 3. 运行docker镜像（生成并进入容器） ```bash docker container run -it fortran_mpi_omp:latest /bin/bash ``` 4. 编译并测试 ```bash make && chmod +x ./test.sh && ./test.sh ``` ## 基本使用 将宿主机目录挂载到容器并启动（举例）：`docker container run -it -v /d/nesDocker/fortran_mpi_openmp:/home/test fortran_mpi_omp /bin/bash` 列出当前使用镜像：`docker image ls` 退出但不关闭容器：Ctrl+p+q 列出当前所有容器：`docker container ls --all` 退出容器后重新进入：`docker restart [container id] && docker attach [container id]` 镜像默认使用mpich， 若需要改为openmpi，请修改镜像的`.bashrc`文件； 镜像默认使用gcc4.8.5， 若需要改为gcc5.3.1，请修改镜像的`.bashrc`文件。 具体怎么修改都注释在文件里了，修改完成后记得`source ~/.bashrc`一下使之生效。 ## 网络问题 你的机器若无法联网：请先在能联网的机器上下载-重命名-打包镜像文件（举个例子）并压缩： ```bash docker pull nescirem/fortran_mpi_omp:latest docker nescirem/fortran_mpi_omp:latest fortran_mpi_omp:0.4 docker rmi nescirem/fortran_mpi_omp:latest docker save -o fortran_mpi_omp_cgns.tar fortran_mpi_omp:0.4 gzip fortran_mpi_omp_cgns.tar ``` 将该镜像文件拷贝到目标机器上解压并安装（记得先给目标机器安装Docker）： ```bash gzip -d fortran_mpi_omp_cgns.tar.gz docker load -i fortran_mpi_omp_cgns.tar ``` ## 常见疑问 1. 在Docker里面运行数值仿真程序，会有性能损耗么？ 几乎不会。CPU 与内存基本不会有损失，损失只出现在 I/O 上，将详见论文：[Felter, Wes, et al. 2015](https://scholar.google.com/scholar?q=An+Updated+Performance+Comparison+of+Virtual+Machines+and+Linux+Containers&hl=zh-CN&as_sdt=0&as_vis=1&oi=scholart) 或参考[知乎](https://www.zhihu.com/question/29027322)，[V2EX](https://www.v2ex.com/t/394313)。 当然，我也使用NASA的并行测试程序NAS Parallel Benchmarks测试对比了一下docker与物理机在数值计算这类计算密集型程序的性能表现，详见：[性能对比测试](#性能对比测试)。 2. 我在Windows程序写得好好的，为什么要折腾Docker？ 有收割机不用，你非要用镰刀收割我也没办法╮(╯▽╰)╭。 ## 性能对比测试 等等。。马上就好（咕咕咕）