#初始模拟系统设置
units metal
atom_style atomic
boundary p p p
neighbor 0.3 bin
#建立钨BCC模型
lattice bcc 3.168
region box block 0 10 0 10 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 box
#定义相互作用势
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * ./Potentials/W_zhou.eam.alloy W
#定义原子坐标/热力学信息输出
thermo 10
dump 1 all custom 1 vacancy.xyz id type x y z
#结构优化得到E_perfect能量
minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000
#记录第一次优化后能量值和总原子数目
variable E0 equal etotal
variable E_perfect equal ${E0}
variable N equal count(all)
variable N0 equal ${N}
#删除一个原子得到一个空位
#region 2 sphere 5.0 5.0 5.0 0.1 side in
#delete_atoms region 2
#删除中心原子再添加两个原子形成<111>dumbbell自间隙子
region 2 sphere 5.5 5.5 5.5 0.1 side in
delete_atoms region 2
create_atoms 1 single 5.25 5.25 5.25
create_atoms 1 single 5.75 5.75 5.75
#结构优化得到E_defect能量
minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000
#记录第二次优化后能量值
variable E_defect equal etotal
#记录公式计算的空位形成能
#variable Ev equal (${E_defect}-((${N0}-1)/${N0})*${E_perfect})
variable Ev equal (${E_defect}-((${N0}+1)/${N0})*${E_perfect})
#输出
print "ALL DONE"
#print "Vacancy formation energy = ${Ev} eV"
print "SIA formation energy = ${Ev} eV"
#计算缺陷形成能
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