chl_func.rar_chlorophyll_image concentration

% Restituisce la scala della clorofilla in relazione ad una determinata % colorbar. V e` la matrice nota nella quale le prime tre colonne sono i % valori RGB e la quarta la relativa concentrazione di clorofilla noti. Le % righe saranno tante quanto il numero di concentrazioni note. Img e` % l'immagine RGB della colorbar. % E` possibile copiare direttamente una colorbar da una pagina web ed % estrarre i dati dalla medesima purche` essa venga salvata come un file % bmp. % Gli input della funzione sono img che e` la matrice NxMx3 RGB % ottenuta caricando la colormap .bmp. % fpix e lpix che sono rispettivamente le coordinate xy del primo e % dell'ultimo pixel colorati della colorbar % Per poter ottenere i valori della scala e` pero` necessario modificare il % file di testo chl2RGB nel seguente modo: % % $conc_chl1#R1!G1&B1@ % $conc_chl2#R2!G2&B2@ % $conc_chl3#R3!G3&B3@ % ... % ... % ... % % che sono dei valori di concentrazione di colorofilla leggibili % direttamente dalla colorbar assieme alla tonalita` RGB relativa. E` % possibile usare il comando imshow per vedere RGB di ogni pixel della % colorbar. % Al termine Mfin sara` la matrice contenente le informazioni di clorofilla % le concentrazioni di clorofilla e i relativi valori RGB associati. function Mfin=comb_color(img,fpix,lpix) fid=fopen('insert your own path...chl_project\chl2RGB.txt','r'); c = fread(fid,inf); fclose(fid); c_r=char(c'); v_dol=strfind(c_r,'$'); v_canc=strfind(c_r,'#'); v_excl=strfind(c_r,'!'); v_and=strfind(c_r,'&'); v_at=strfind(c_r,'@'); for i=1:length(v_dol) str_temp=c_r((v_dol(1,i)+1):(v_canc(1,i))-1); v_conc(1,i)=str2num(str_temp); str_temp=c_r((v_canc(1,i)+1):(v_excl(1,i))-1); v_RGB(i,1)=str2num(str_temp); str_temp=c_r((v_excl(1,i)+1):(v_and(1,i))-1); v_RGB(i,2)=str2num(str_temp); str_temp=c_r((v_and(1,i)+1):(v_at(1,i))-1); v_RGB(i,3)=str2num(str_temp); end size(v_RGB) h=1; colore=0; for i=fpix(1,1):lpix(1,1) %for i=13:520 %cont=0; flag=0; for j=1:size(v_RGB,1) if img(fpix(1,2),i,1)==v_RGB(j,1)&& img(fpix(1,2),i,2)==v_RGB(j,2) && img(fpix(1,2),i,3)==v_RGB(j,3) %if img(25,i,1)==v_RGB(j,1)&& img(25,i,2)==v_RGB(j,2) && img(25,i,3)==v_RGB(j,3) %cont=cont+1; flag=1; end end %if cont==(size(v_RGB,1)-1) if flag == 0 colore(h,1)=img(fpix(1,2),i,1); colore(h,2)=img(fpix(1,2),i,2); colore(h,3)=img(fpix(1,2),i,3); h=h+1; end end w=griddata3(v_RGB(:,1),v_RGB(:,2),v_RGB(:,3),v_conc,colore(:,1),colore(:,2),colore(:,3),'linear'); %plot(w) %X=[1:468]; X=[1:size(w,1)]; % tutti i pixel mancanti al file size(v_conc,2) x_nan=isnan(w); h=1; %size(x_nan,1) for i=1:size(x_nan,1) if x_nan(i,1)==true xi(h,1)=i; h=h+1; end end X_nomiss=X; miss=find(isnan(w)); % vettore con le coordinate X_nomiss(miss)=[]; %vettore che contiene i t dove c'� il dato w_nomiss=w(~isnan(w)); % ho un vettore che mi dice dove ci sono i dati w=interp1(X_nomiss,w_nomiss,X,'linear'); %interpolazione M1=[v_RGB,v_conc']; M2=[colore,w']; M=[M1;M2]; for i=1:size(M,1) [minimo,index]=min(M(:,4)); Mfin(i,:)=M(index,:); M(index,4)=100; end risp=input('Salvare file .mat ? (Y/N)','s'); if strcmp(risp,'y') || strcmp(risp,'Y') save('Mfin.mat', 'Mfin'); else disp('Non si e` voluto salvare il file.'); end figure('name','chl concentration scale'); subplot(2,1,1); plot(Mfin(:,4)); subplot(2,1,2); imshow(img);