Lirex:用于识别基因组中长反向重复的程序包-开源

长反向重复序列 (LIR) 是基因组中进化和功能上重要的结构，因为它们参与 RNA 干扰、DNA 重组和基因复制。 当允许重复之间的错配和插入缺失时，LIR 的鉴定非常复杂。 长倒置重复浏览器（Lirex）是在这里开发和介绍的。 Lirex 用 Ja​​va 编写，提供了一个用户友好的界面，并允许用户指定 LIR 搜索标准，例如区域的长度，以及重复的模式和大小。 可以根据识别的 LIR 的错配率和内部间隔区大小来选择重组 LIR。 Lirex 作为识别基因组中 LIR 的跨平台工具，可能有助于设计以下实验以探索 LIR 的功能。 我们的工具可以识别比其他 LIR 搜索工具更多的 LIR。 更多详细信息，请参阅 Y. Wang 和 JM Huang 的 Genomics, Proteomics and Bioinformatics 2017, 15:141-146。