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VariationalMD:我的硕士论文代码库
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2021-03-05
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变异MD 我的硕士论文代码的保管库。 这里有相关文件的指南。 ####### 代码 ####### 2D_ToyModel_1:Jupyter笔记本,带有执行棘轮棘爪分子动力学的代码。 该文件包含对我编写代码时进行的一些测试。 在开始时,我绘制了电势,玻尔兹曼概率以及作用在系统上的力。 2D_ToyModel_2:仅包含相关代码2D_ToyModel_1的jupyter-notebook。 它包含一个过度阻尼的Langevin方程的积分器,一个具有恒定偏压力的积分器以及我用于Ratchet&Pawl算法的代码。 此处的每个函数都可以在2D_ToyModel_1中找到,但分散存在。 2D_VariationalMD:我在其中执行变分方法的Jupyter笔记本。 该文件包含用于找到良好React坐标的迭代算法。 优化:jupyter-notebook,在与我正在研究的情况类似的情况
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VariationalMD-main.zip (54个子文件)
VariationalMD-main
.ipynb_checkpoints
2D_VariationalMD-checkpoint.ipynb 1.21MB
2D_ToyModel_2-checkpoint.ipynb 533KB
2D_ToyModel_1-checkpoint.ipynb 423KB
images
VariationalMD
Langevin
trajectories_0.5l_0.5d.png 236KB
prob_dens_l.png 46KB
Parameters 31B
prob_dens_0.5cU_0.5d.png 40KB
prob_dens_cU.png 46KB
trajectories_d.png 255KB
prob_dens_0.5l_0.5d.png 40KB
trajectories_cU.png 227KB
boltzmann_prob.png 43KB
prob_dens_d.png 32KB
trajectories_l.png 244KB
prob_dens_0.5l_0.5cU.png 43KB
trajectories_0.5l_0.5cU.png 238KB
trajectories_0.5cU_0.5d.png 226KB
Iterative
linear
comm_cU_d.png 50KB
prob_distr_l_cU.png 44KB
comm_l_d.png 42KB
comm_l_cU.png 25KB
constr_l_d.png 20KB
trajectories_l_cU.png 210KB
trajectories_cU_d.png 225KB
constr_l_cU.png 22KB
boltzmann_prob.png 43KB
coeff_l_d.png 30KB
prob_distr_cU_d.png 36KB
prob_distr_l_d.png 38KB
constr_cU_d.png 21KB
coeff_cU_d.png 23KB
coeff_l_cU.png 25KB
trajectories_l_d.png 234KB
preliminary_work
steered_langevin
prob_density.png 36KB
trajectories.png 276KB
potential
contour_plot.png 125KB
x_force.png 36KB
force_field.png 61KB
color_plot.png 29KB
boltzmann_prob.png 43KB
y_force.png 30KB
simple_langeving
intermediate_start
prob_density.png 17KB
trajectories.png 226KB
reactant_start
prob_density.png 19KB
prob_density_KbT1.5.png 38KB
trajectories.png 269KB
trajectories_KbT1.5.png 271KB
ratchet
prob_density.png 35KB
trajectories.png 260KB
README.md 3KB
Python.gitignore 2KB
2D_ToyModel_2.ipynb 579KB
2D_VariationalMD.ipynb 684KB
2D_ToyModel_1.ipynb 1.69MB
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LinSha
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