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代谢网络分析
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2021-02-19
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该存储库包含用于代谢网络分析和执行通量平衡分析(FBA)的MATLAB和Python脚本,以及示例性代谢模型和实验通量数据。 该存储库由BitBucket专用托管,并在GitHub上公开镜像。 文件和资源类型: .m文件: MATLAB脚本文件。 可以使用MATLAB或GNU Octave打开/执行。 .mat文件: MATLAB数据文件。 要在GNU Octave中打开.mat文件,请使用load命令:“ load” .py文件: Python脚本文件。 大多数/某些文件是为python 2.7编写的,必须进行更新才能与Python 3一起使用。 MATLAB文件: MATLAB脚本于2012年秋季在挪威科学技术大学(NTNU)的一个半学期项目中开发。该脚本可用于将通量平衡分析(FBA)的结果与实验确定的通量数据进行比较,计算出实验通量与计算通量之间的欧式距离,并确定与实验数据
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代谢网络分析 (139个子文件)
project_bibliography.bib 219KB
Bok1.csv 2KB
reactionmap.csv 2KB
Bok2.csv 803B
rxndescr.cvs 179B
omni_driver.gms 1KB
notebook.ipynb 3KB
experimentaldata.json 499B
runsim.m 41KB
runsim.m 41KB
gxFBA.m 36KB
computesplits.m 26KB
computesplits.m 26KB
extractflux.m 15KB
extractflux.m 15KB
QPmindist.m 11KB
QPmindist.m 11KB
run_omni.m 8KB
omni.m 8KB
HighFluxBackbone.m 5KB
bar3Dplot.m 5KB
bar3Dplot.m 5KB
compdist.m 5KB
compdist.m 5KB
set_constr_irrev.m 5KB
print_gams_input.m 5KB
iterateoptimobj.m 4KB
fluxreport.m 4KB
fluxreport.m 4KB
constrainfluxes.m 4KB
constrainfluxes.m 4KB
singleparamtest.m 3KB
optreqanalysis.m 3KB
optreqanalysis.m 3KB
fmindist.m 3KB
fmindist.m 3KB
conv_to_irrev.m 3KB
omni_example.m 2KB
parse_gams_omni_output.m 2KB
biomassPrecursorCheck.m 2KB
remove_rxns.m 2KB
analyzeHFB.m 2KB
splitdists.m 2KB
testfluxes.m 1KB
barplot2.m 1KB
barplot2.m 1KB
scatterplot.m 1KB
glucosebounds.m 1KB
create_gams_input.m 1KB
split.m 1015B
specificagreement.m 998B
sel_matrix.m 950B
lindo2gams.m 817B
printShadowPriceEX.m 784B
EXreactinfo.m 781B
makeplots.m 762B
objectivecomparison.m 690B
printShadowPrice.m 627B
reactinfo.m 621B
unpack_fba_model.m 455B
simwizard.m 378B
testobjectives.m 360B
testconstraints.m 317B
eucdist.m 313B
initwgurobi.m 306B
optimobj.m 245B
optimobjsolve.m 201B
calculability.m 83B
modeldata.mat 406KB
modeldata.mat 406KB
iJR904_aer_gmm_omni.mat 208KB
expdata.mat 1KB
expdata.mat 1KB
exp_splitratios.mat 983B
reactionmaps.mat 636B
reactionmaps.mat 636B
reactionmaps.mat 636B
objectivemap.mat 608B
readme.md 8KB
flowchart.odg 16KB
FBA.ods 12KB
cplex.opt 34B
rapport.pdf 1.39MB
reactionmap_example.png 15KB
runsim.py 35KB
GlobalFluxOrganization.py 22KB
gx-FBA.py 20KB
mindist.py 7KB
cogs-fba.py 7KB
loadData.py 6KB
MPStoCobraModel.py 6KB
QPmindist.py 6KB
modelmanipulation.py 6KB
optimtest.py 5KB
CalculabilityAnalysis.py 5KB
FluxCoupling.py 4KB
optreqanalysis.py 4KB
constrainfluxes.py 3KB
fluxreport.py 2KB
compsplits.py 2KB
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