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dingo:用于代谢网络采样和分析的python库
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2021-04-20
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丁戈 用于代谢网络采样和分析的python库。 安装 要加载dingo使用的子模块,请运行: git submodule update --init 。 您将需要下载并解压缩boost库: wget -O boost_1_75_0.tar.bz2 https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.75.0/source/boost_1_75_0.tar.bz2 tar xjf boost_1_75_0.tar.bz2 rm boost_1_75_0.tar.bz2 然后,您需要安装PySPQR库的依赖项; 对于debian / ubuntu linux运行: apt-get install libsuitesparse-dev 要安装python依赖项,请安装 。 然后,运行: poetry shell poetry install 要利用ding
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dingo-develop.zip (34个子文件)
dingo-develop
ext_data
e_coli_core_dingo.mat 3KB
e_coli_core.mat 112KB
e_coli_core.json 169KB
matlab_model_wrapper.m 460B
.gitmodules 204B
build.py 1KB
poetry.lock 38KB
volume_approximation
pyproject.toml 588B
dingo
loading_models.py 5KB
fva.py 3KB
parser.py 7KB
scaling.py 3KB
utils.py 6KB
bindings
bindings.cpp 20KB
bindings.h 5KB
__main__.py 240B
inner_ball.py 2KB
__init__.py 8KB
volestipy.pyx 12KB
sampler.py 8KB
gurobi_based_implementations.py 11KB
fba.py 2KB
nullspace.py 2KB
metabolic_network.py 7KB
tests
fast_implementation_test.py 4KB
unit_tests.py 3KB
LICENSE 7KB
eigen
doc
documentation_main.md 7KB
e_coli_aconta.png 33KB
documentation_package.md 5KB
README.md 2KB
setup.py 2KB
.gitignore 90B
README.md 1KB
共 34 条
- 1
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橘子乔JVZI
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