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mrnai-bipartite-opt:在双向相互作用模型下预测多个RNA最佳相互作用结构的软件
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2021-03-28
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mrnai-bipartite-opt 在双向相互作用模型下预测多个RNA最佳相互作用结构的软件 建立工具 导航到mrnai-bipartite-opt目录,然后简单地运行 make all 这将构建mrnai-bipartite-opt以及RNAup软件。 运行工具 要基于完整的二部图方法(指定了偶数和奇数RNA)生成最佳结构,请导航至mrnai-bipartite-opt目录并运行 ./bip-run.sh <INPUT_FILE> 其中, <INPUT_FILE>是输入文件的路径。 在“ mrnai-bipartite-opt / inputs”目录中提供了一些示例输入文件。 输入文件至少包含3行:第1行:所有5'-> 3'方向的RNA序列,以&分隔。 第2行:可用于RNA的任何名称,以&分隔。 第3行:偶数RNA的逗号分隔索引,后跟| ,然后是逗号分隔的奇数RNA第4行及以后的
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mrnai-bipartite-opt:在双向相互作用模型下预测多个RNA最佳相互作用结构的软件 (174个子文件)
alis_example 214B
alis_new_example 352B
lib_Makefile.am 523B
h_Makefile.am 384B
prog_Makefile.am 240B
bacillus 247B
bad_cops 163B
burke 113B
part_func_up.c 72KB
ribo.c 53KB
alipfold.c 47KB
fold.c 47KB
bins.c 46KB
part_func.c 45KB
part_func_co.c 42KB
cofold.c 41KB
part_func1.c 41KB
PS_dot.c 39KB
subopt.c 38KB
LPfold.c 35KB
alifold.c 33KB
naview.c 30KB
RNAup.c 29KB
Lfold.c 25KB
read_epars.c 20KB
duplex.c 17KB
RNAcofold.c 17KB
RNAalifold.c 17KB
treedist.c 16KB
precomp.c 14KB
energy_par.c 14KB
inverse.c 14KB
RNAstruct.c 14KB
datastruct.c 13KB
RNAdistance.c 12KB
stringdist.c 12KB
findpath.c 12KB
list.c 10KB
RNAplfold.c 10KB
RNAfold.c 9KB
params.c 9KB
RNAsubopt.c 8KB
RNApaln.c 8KB
ProfileAln.c 8KB
utils.c 8KB
ProfileDist.c 7KB
RNApdist.c 7KB
RNALfold.c 6KB
RNAheat.c 6KB
RNAinverse.c 6KB
RNAeval.c 5KB
MEA.c 5KB
parse.c 5KB
RNAduplex.c 5KB
aln_util.c 4KB
RNAaliduplex.c 4KB
RNAplot.c 3KB
fold_vars.c 2KB
weights_rnaup.c 2KB
dist_vars.c 315B
sched.c 0B
old_PRBDPCore.cc 18KB
Chain.cc 12KB
Window.cc 10KB
PRBDPCore.cc 8KB
parser.cc 8KB
convg.cc 5KB
LevelGroupProcessor.cc 5KB
Config.cc 3KB
old_convg.cc 3KB
Weights.cc 3KB
allperms.cc 3KB
convg_old.cc 2KB
findone.cc 2KB
Cache.cc 837B
complete.cc 832B
weights_only.cc 829B
RNAProperties.cc 814B
TestMultiDimArray.cc 639B
complete_output_ali 26KB
copa_copt 2KB
copa_copt_four 631B
copa_copt_three 84B
ensg 214B
config.h.gch 1.56MB
Arrays.h.gch 496KB
.gitignore 51B
bins_flat.h 512KB
intloops.h 481KB
TempCompression.h 12KB
MultiIndexArray.h 4KB
pair_mat.h 3KB
Window.h 3KB
rnaseq.h 3KB
energy_par.h 2KB
config.h 2KB
utils.h 2KB
edit_cost.h 2KB
fold_vars.h 2KB
rnaseq.h 2KB
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谁家扁舟子
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