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MAGIC:MAGIC(基于马尔可夫亲和力的细胞图形插补)是一种插补缺失值的方法,可恢复大型生物数据集的结构
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基于Markov亲和力的细胞图插补(MAGIC) 基于马尔可夫亲和力的细胞图插补(MAGIC)是一种用于对最常应用于单细胞RNA测序数据的高维数据进行去噪的算法。 MAGIC使用结果图对特征进行平滑处理并恢复数据的结构,从而学习流形数据。 要了解如何将MAGIC应用于单细胞RNA序列,阐明上皮到间充质的转变,请阅读的。 MAGIC已在Python,Matlab和R中实现。 要立即开始,请查看我们的教程: Python 骨髓教程 [R 上皮到间质过渡教程 骨髓教程 魔术揭示了波形蛋白(VIM),钙黏着蛋白1(CDH1)和锌指结合E-box的同源盒1(ZEB1,由颜色编码)之间的相互作用。 目录 Python 安装 用pip安装 从GitHub安装 用法 快速开始 讲解 Matlab的Matlab版本的说明 [R 安装 从CRAN安装 从GitHub安装 用法 快速开
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project_genes.m 779B
load_10x.m 2KB
.github
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question.md 98B
feature_request.md 604B
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CONTRIBUTING.md 2KB
LICENSE 18KB
setup.cfg 528B
README.md 7KB
.pre-commit-config.yaml 662B
magic.gif 1.24MB
data
HMLE_TGFb_day_8_10.csv.gz 23.03MB
test_data.csv 252KB
.gitignore 345B
Rmagic
NAMESPACE 442B
DESCRIPTION 1KB
inst
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BMMSC_data_R_pca_colored_by_magic.png 77KB
EMT_data_R_before_magic.png 108KB
bonemarrow_tutorial.Rmd 6KB
BMMSC_data_R_before_magic.png 41KB
emt_tutorial.html 1.24MB
BMMSC_data_R_phate_colored_by_magic.png 73KB
EMT_data_R_after_magic.png 155KB
EMT_data_R_pca_colored_by_magic.png 296KB
BMMSC_data_R_after_magic.png 58KB
bonemarrow_tutorial.html 1MB
emt_tutorial.Rmd 5KB
CITATION 748B
R
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preprocessing.R 942B
utils.R 5KB
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.pre-commit.r_requirements.txt 45B
.Rbuildignore 50B
LICENSE 18KB
README.md 10KB
.pre-commit-config.yaml 551B
data
magic_testdata.rda 42KB
man
figures
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tests
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python
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requirements.txt 127B
doc
source
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installation.rst 2KB
requirements.txt 146B
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Makefile 607B
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magic
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after_magic_example.png 70KB
plot.py 6KB
setup.py 2KB
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杜佳加
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